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ADAR1 編輯活性報告基因細胞系的開發

時間:2024/7/11閱讀:766
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 簡 介

ADAR酶在RNA中針對位于特定雙鏈環狀結構中的腺苷執行A-to-I編輯。ADAR1有兩種亞型——p150和p110,它們通過使用單獨的啟動子和交替剪接產生的。

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Fig 1. ADAR editor靶向的雙鏈mRNA環示例


ADAR1功能喪失突變導致dsRNA傳感器的異常激活。ADAR1在多種腫瘤中高表達,并且ADAR1基因敲除可以改善對特定免疫治療(如PD-1/PD-L1阻斷)的反應,并繞過腫瘤免疫治療抵抗機制,這使ADAR1成為治療開發的具有前景的靶點。


原 理

細胞系含有可作為ADAR1編輯靶標的發卡結構,該結構位于Firefly熒光素酶基因的上游,且包含終止密碼子(UAG),并可在ADAR1介導的編輯下轉變為色氨酸(UUG)密碼子。


結 果

ADAR1過表達的HEK293細胞顯示出高熒光素酶活性,此活性在siRNA介導的ADAR1表達敲低后減少。



02
細胞系和檢測原理



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圖片圖片Fig 2. 三種ADAR1報告基因細胞系的原理


ADAR1報告基因結構包含一個含有終止密碼子(UAG)的ADAR1靶點,該密碼子位于編碼Firefly熒光素酶的序列的上游。在沒有ADAR1的情況下,熒光素酶不會轉錄,細胞無熒光素酶活性。在存在ADAR1活性的情況下,腺嘌呤被轉化為肌苷,所得的密碼子對應氨基酸色氨酸(UUG),從而使熒光素酶的轉錄和表達成為可能。因此,ADAR1活性與熒光素酶活性直接相關。


選擇HEK293細胞是因為它們的內源性ADAR1表達相對較低。



  • ADAR1 Responsive Luciferase Reporter Cell Line( #82238)需要轉導并穩定整合報告基因結構。該細胞需要經過轉染才能表達ADAR1,并誘導熒光素酶的表達。


  • ADAR1 Activity Luciferase Reporter Cell Line( #82239)是通過將ADAR1轉導到#82238,然后進行抗生素篩選和克隆而生成的。


  • ADAR1 Activity Two-Luciferase Reporter Cell Line( #82240)是從#82239改造而成,可穩定表達Renilla熒光素酶。Renilla熒光素酶活性作為細胞活力的指標,讓用戶在評估化合物對ADAR1活性影響的同時評估其毒性。

03
報告基因優化

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Fig 3. ADAR Reporter #2具有最佳的ADAR1響應和選擇性。


使用三種報告基因設計,生成了HEK293 cell pool,并使用轉染ADAR1質粒的瞬轉來篩選敏感性高,響應強的細胞系。


鑒于ADAR1和ADAR2的RNA靶標序列存在重疊,ADAR2過表達可能產生的影響。圖3A顯示,三種ADAR報告基因中的兩種在ADAR1過表達時觸發了熒光素酶活性。其中,ADAR Reporter #2在ADAR2表達時沒有響應,與ADAR Reporter #1相比,ADAR Reporter #2對ADAR1具有更好的特異性(圖3B)。因此,選擇ADAR Reporter #2制備穩轉細胞系。


04
ADAR1響應型報告基因細胞系

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Fig 4. 穩轉ADAR1響應型報告細胞系對ADAR1有響應,對ADAR2無響應。


從表達Reporter #2的HEK293 cell pool中選擇穩定的、單克隆細胞系。通過瞬轉ADAR2或ADAR1的p150或p110亞型,比較熒光素酶活性。


結果表明,與p110相比,對ADAR1 p150活性的偏好響應,ADAR2過表達時檢測到的熒光素酶活性很小。


在21代的穩定性測試中,該細胞系一直維持的熒光素酶活性。



05
ADAR1活性熒光素酶報告細胞系


為了,通過將ADAR1 p150亞型通過 慢病毒轉導到ADAR1響應型報告HEK293細胞系中,生成ADAR1過表達HEK293細胞系,可評估ADAR1為靶點的化合物


ADAR1的siRNA knockdown使熒光素酶活性減少,說明熒光素酶活性來自ADAR1過表達(圖5B)。ADAR1 knockdown并不誘導細胞毒性(圖5C)。因此,細胞死亡并未導致觀察到的熒光素酶活性降低。


將96孔板和384孔板進行比較顯示,與對照組相比,細胞系具有強且穩定的信號(圖6)。

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Fig 5. ADAR1活性熒光素報告HEK293細胞系中的熒光素酶活性源于ADAR1的表達。


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Fig 6. ADAR1過表達的報告基因細胞中ADAR1依賴的熒光素酶活性一致性高。



06
ADAR1活性雙熒光素酶報告細胞系

該細胞系可同時評估ADAR1活性和化合物誘導的細胞毒性。ADAR1活性報告熒光素HEK293細胞系可穩定、持續表達Renilla熒光素酶。Firefly和Renilla熒光素酶活性都與細胞密度相關(圖7)。


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圖7. 在ADAR1活性雙熒光素酶報告基因細胞系中,Firefly熒光素酶和Renilla熒光素酶信號與細胞數量呈正相關。

07
結論

三種細胞系可支持ADAR1研究的不同方面:

  • ADAR1 Responsive Luciferase Reporter Cell Line( #82238)可比較ADAR1修飾和突變對ADAR1活性的影響,例如研究結構/功能關系,或者研究RNA編輯的ADAR1變體。

  • ADAR1 Activity Luciferase Reporter Cell Line( #82239)穩定表達ADAR1,適用于評估ADAR1調節劑(如小分子抑制劑)的療效。可進行高通量篩選。

  • ADAR1 Activity Two-Luciferase Reporter Cell Line( #82240)可在評估靶向ADAR1化合物(如小分子抑制劑)的效力的同時,進行毒性測定。


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