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對于許多高級診斷系統和應用而言，顯微鏡系統不可缺失。每項應用都可能需要不同類型的顯微鏡，最常見的包括立體顯微鏡和倒置顯微鏡。立體顯微鏡是使用入射光照明進行檢測的光學顯微鏡。顯微鏡提供廣泛的放大選擇，而顯微鏡型號則還備有各種如變焦能力及可互換物鏡的額外功能。倒置顯微鏡會將物鏡和傳感器位置翻轉到樣本下方，對于關鍵特征和細胞位于孔底部的細胞分析、孔板檢查或有蓋培養皿檢查而言非常重要。若樣本最好是從底部成像，以便減少通常由浸漬介質引起的球面像差和色像差，則倒置顯微鏡很有用。顯微鏡系統非常適用于對通過肉眼無法輕松發現的微小特征或缺陷進行分析。

愛特蒙特光學還提供由行業頂尖制造商（包括Mitutoyo與Olympus）制造的顯微鏡和倒置顯微鏡。Mitutoyo FS70檢測顯微鏡與Mitutoyo遠場校正物鏡兼容。Olympus顯微鏡可提供適用于各種應用和系統空間的多種接口配置。愛特蒙特光學也提供各種顯微鏡配件，包括相機及振動隔離平臺，以最大限度地減少振動，保證圖像質量不受影響。