蛋白分子量測定結(jié)果會受到多種因素的影響，包括實驗方法本身的局限性、儀器設備的精度、樣品的性質(zhì)和處理過程等。以下是一些主要的影響因素：
-實驗方法
-凝膠電泳法：凝膠濃度和交聯(lián)度會影響分子篩效應，進而影響蛋白質(zhì)的遷移率和分子量測定的準確性。此外，SDS-PAGE中SDS與蛋白質(zhì)的結(jié)合比例、緩沖液的pH值和離子強度等也會影響蛋白質(zhì)的遷移，若這些條件控制不當，可能導致分子量測定偏差。
-凝膠過濾法：凝膠的孔徑分布和柱床體積的均勻性對結(jié)果有重要影響。如果凝膠孔徑不均勻，會導致蛋白質(zhì)分子在凝膠顆粒中的擴散行為異常，影響其洗脫體積，從而使分子量測定不準確。同時，樣品的上樣量和洗脫流速也需要嚴格控制，上樣量過大或洗脫流速過快會使蛋白質(zhì)分子之間的分離效果變差，影響分子量的準確測定。
-質(zhì)譜法：基質(zhì)的選擇和質(zhì)量分析器的精度是關(guān)鍵因素。不同的基質(zhì)對不同類型蛋白質(zhì)的離子化效率不同，如果基質(zhì)選擇不當，可能導致某些蛋白質(zhì)離子化不全，從而無法準確測定其分子量。質(zhì)量分析器的分辨率和精度決定了能夠準確測量的質(zhì)量范圍和質(zhì)量精度，低分辨率的質(zhì)量分析器可能無法區(qū)分分子量相近的蛋白質(zhì)，導致測定結(jié)果不準確。
-儀器設備
-精度和校準：蛋白分子量的精度直接影響測量結(jié)果的準確性。例如，電子天平的精度不足可能導致樣品稱量不準確，從而影響蛋白質(zhì)濃度的計算和分子量的測定。此外，儀器的校準是否準確也至關(guān)重要。如分光光度計需要定期校準波長準確性和吸光度準確性，若校準不準確，會導致蛋白質(zhì)濃度測定錯誤，進而影響分子量測定結(jié)果。
-儀器的穩(wěn)定性：儀器的穩(wěn)定性對長時間的測量過程尤為重要。例如，在凝膠電泳過程中，如果電源電壓不穩(wěn)定，會導致電場強度發(fā)生變化，從而影響蛋白質(zhì)的遷移率，使分子量測定結(jié)果出現(xiàn)偏差。同樣，在質(zhì)譜分析中，儀器的離子源穩(wěn)定性、質(zhì)量分析器的穩(wěn)定性等都會影響質(zhì)譜圖的質(zhì)量和重復性，進而影響分子量測定的準確性。
-樣品因素
-純度：樣品中的雜質(zhì)會干擾蛋白質(zhì)的遷移或離子化過程。例如，樣品中含有核酸、多糖等雜質(zhì)，可能與蛋白質(zhì)結(jié)合形成復合物，改變蛋白質(zhì)的分子量或電荷性質(zhì)，從而影響其在凝膠電泳或質(zhì)譜中的行為，導致分子量測定錯誤。
-構(gòu)象：蛋白質(zhì)的三維構(gòu)象會影響其在凝膠過濾或凝膠電泳中的遷移行為。例如，一些蛋白質(zhì)在溶液中可能形成多聚體或具有特殊的折疊結(jié)構(gòu)，這些結(jié)構(gòu)會影響其在凝膠中的有效尺寸，使其遷移率與根據(jù)一級結(jié)構(gòu)計算出的分子量不相符。
-降解和修飾：蛋白質(zhì)在樣品制備或儲存過程中可能發(fā)生降解或修飾。例如，蛋白酶的作用可能導致蛋白質(zhì)降解成較小的片段，使測定的分子量偏小。而磷酸化、糖基化等修飾則可能增加蛋白質(zhì)的分子量，并且修飾程度的不同也會導致分子量測定結(jié)果的差異。
為了獲得準確的蛋白分子量測定結(jié)果，需要選擇合適的實驗方法，確保儀器設備的精度和穩(wěn)定性，以及對樣品進行妥善的處理和保存。同時，還需要進行必要的對照實驗和質(zhì)量控制，以減少各種因素對測定結(jié)果的影響。
