實時熒光定量PCR，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。常見的熒光定量PCR檢測方法有SYBR Green I熒光嵌合法和熒光探針法。
SYBR Green I熒光嵌合法：
SYBR Green I 是一種能與雙鏈 DNA 結合發光的熒光染料。其與雙鏈 DNA 結合后， 熒光大大增強。因此， SYBR Green I 的熒光信號強度與雙鏈 DNA 的數量相關，可以根據熒光信號檢測出 PCR 體系存在的雙鏈 DNA 數量。SYBR Green I 的最大吸收波長約為 497nm，發射波長最大約為 520nm。PCR 擴增程序一般為 94℃～55℃～72℃三步法，40 個循環。SYBR Green I 的缺點：由于 SYBR Green I 沒有特異性，不能識別特定的雙鏈，只要是雙鏈就會結合發光，對 PCR 反應中的非特異性擴增或引物二聚體也會產生熒光，通常本底較高，所以在臨床上使用可能會有假陽性發生。
SYBR Green I 的優點：SYBR Green I 的優點是因為其缺點產生，由于它能所有的雙鏈DNA相結合，所以對不同模板不需特別定制不同的特異性探針，通用性較好，并且價格相對較低。這對科研是很有利的，因此國內外在科研中使用比較普遍。
熒光探針法：
探針法通常是使用5’端帶有熒光物質（如：FAM等），3’端帶有淬滅物質（如：TAMRA、Eclipse、BHQ等）的探針進行熒光檢測的方法。當探針完整時，5’端的熒光物質受到3’端的淬滅物質的制約，不能檢出熒光。探針的報告基團的發射波長要在淬滅基團的吸收波長范圍內。
能用于實時熒光 PCR 定量的方法很多，各有優缺點，必須根據具體的實驗用途進行選擇。如果用于區別同源性高的序列以及進行SNP分型解析等多重PCR檢測，推薦用熒光探針法，而進行除此之外的Real Time PCR實驗，我們推薦使用簡單易行、成本低的SYBR Green I熒光嵌合法。
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