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恒溫核酸分子雜交儀的雜交方式主要基于DNA或RNA序列的互補(bǔ)配對(duì)。其工作原理是，通過(guò)控制恒定的溫度和加熱時(shí)間，使標(biāo)記有熒光或輻射性同位素的探針與待檢測(cè)的核酸靶分子進(jìn)行雜交，從而檢測(cè)目標(biāo)DNA或RNA序列的存在和數(shù)量。

在雜交過(guò)程中，恒溫雜交儀通過(guò)控制溫度、旋轉(zhuǎn)速度等參數(shù)，使探針和樣品能夠有效地雜交。當(dāng)DNA或RNA樣品與標(biāo)記有熒光或放射性同位素的探針序列雜交時(shí)，雙鏈DNA或RNA的形成會(huì)導(dǎo)致熒光或放射性同位素的信號(hào)被放大。這時(shí)，可以根據(jù)熒光或放射性同位素信號(hào)的大小和位置，確定目標(biāo)序列在樣品中的存在或進(jìn)行定量分析。