在氣相色譜儀運行當中，基線漂移是比較常見的現象。
氣相色譜儀運行時基線漂移可由很多因素引起，例如：
①污染問題；
②儀器在逐漸接近恒溫，各部件在穩定過程中；
③溫度控制器失靈；
④載氣已逐漸用完；
⑤氣路不嚴密，出現泄漏；
⑥載氣閥失靈；
⑦進樣口處硅膠墊太松；
⑧檢測器出口所連接的出氣管道不夠長，容易受外界氣流所干擾。
基線漂移有時是儀器正常現象，如噪聲。
基線漂移表現形式有：
①基線突然漂移；
②基線按一定方向不斷漂移；
③基線不規則的漂移；
④基線以正弦形式漂移。
氣相色譜儀基線漂移問題的處理可從以上因素入手，采取對癥措施，可獲得較好的效果。
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