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植物原料：植物原料本身攜帶毒雜菌，如原料消毒滅菌不到位，毒雜菌容易在發酵過程中生長繁殖并產生毒素。

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發酵過程中：

①發酵車間，若環境及空氣中存在有害微生物，將會對反應車間中的產品產生污染，影響其實際質量。

②發酵設備及管道等清洗消毒不到位，也會造成有毒雜菌的產生，從而造成微生物污染。

③在發酵生產過程中添加的水或外加劑

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原料消毒滅菌：對使用的植物原料進行清洗消毒殺菌，做好預處理工作。     

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生產車間的消毒：空氣及環境中也會漂浮著很多孢子，所以也需要進行有效的消毒殺菌（奧克泰士建議日常維護消毒（如臭氧或紫外線等）+定期消毒（使用高效消毒劑，殺滅霉菌芽孢等高抗性微生物）。其次是發酵罐等生產用的設施設備進行消毒殺菌；

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工作人員：工作人員身上也會攜帶很多細菌、真菌等微生物，即使前期做好了消毒工作，如果人員攜帶的微生物進入到了酵素中，也會產生毒雜菌。