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LINE-1通過刺激非小細胞肺癌的代謝重編程促進致瘤性并加劇腫瘤進展
長散布核元件-1 (Long Interspersed Nuclear Element-1,LINE-1,L1) 代表一個非長末端重復序列(LTR) 轉座因子(TEs) 家族,占人類基因組的17%,約有50萬個拷貝廣泛分布在基因組中。具有轉錄活性的L1可以通過轉座子的反轉錄(稱為L1逆轉錄轉座子(LRT) )自行繁殖并插入到基因組中的一個基因位點。在其他情況下,通過激活L1反義啟動子 (L1-ASP),內含子區域內的L1也可以通過剪接位點轉錄到基因的鄰近外顯子中,產生L1基因嵌合轉錄本 (L1-gene chimeric transcript,LCT),這可能會影響基因的表達或功能。據報道,通過L1-ASP激活的LCTs 在大多數癌癥組織中具有異常高表達,并與致癌活性相關。



在這項研究中,作者開發了一種基于局部比對的生物信息學工具 (ReFuse),用于在批量和單細胞 RNA 測序數據中檢測肺癌中具有高靈敏度的全基因組 LCT。通過數據對比分析,作者觀察到 LCTs 優先參與具有線粒體功能和代謝過程的基因,從而引發有利于腫瘤細胞生長、存活和轉移的代謝重組。

