磁分離技術應用于廢水處理有三種方法:直接磁分離法、間接磁分離法和微生物-磁分離法。利用磁技術處理廢水主要是利用污染物的凝聚性和對污染物的加種性。凝聚性是指具有鐵磁性或順磁性的污染物，在磁場作用下由于磁力作用凝聚成表面直徑增大的粒子而后通過磁分離裝置直接分離出來。加種性是指借助于外加磁性種子和化學混凝劑，以增強弱順磁性或非磁性污染物的磁性，使這此非磁性物質形成以磁種為晶核的絮凝體，然后由磁分離裝置進行分離。或借助外加微生物來吸附廢水中順磁性離子，再用磁分離法除去離子態順磁性污染物。