1、sanger法:雙脫氧測序的原理,DNA合成時加上一個ddNTP從而終止這條鏈的延伸,毛細管電泳讀取分析序列。一般教材講的都是這種方法,經典,讀長800bp,但是通量小成本高。
2、高通量測序方法:454也稱焦磷酸測序,一個run下來約400M的數據量。將emulsionPCR產物連磁珠上,放入Pico Titer Plate,測序反應是通過釋放PPi經過ATP硫酸化酶和熒光素酶作用發光,CCD捕捉拍照,反應是連續的,所以遇到連續的堿基如polyA時,454易產生誤差。
3、Solexa:邊合成邊測序,將DNA單鏈固定在芯片上,合成DNA簇,是一種可逆阻斷的合成反應,每個循環只加上一個堿基、系統拍照一次。通過讀取拍照信號分析序列,一個run約200個G數據量以上。目前能量最高,不足是讀長短,現在有PE150,可以測通300bp。
4、Ion torrent:特點是小巧。試劑通過集成的流體通路進入芯片中,密布于芯片上的反應孔立即成為上百萬個微反應體系。這種流體體系、微體系機械設計和半導體的技術組合,使研究人員能夠在2小時內獲取從10Mb到1Gb以上的高精確度序列。*新一種,還沒廣泛應用。