掃描電子顯微鏡的優勢為可以直接觀察非常粗糙的樣品表面，參差起伏的材料原始斷口。但其劣勢為樣品必須在真空環境下觀察，因此對樣品有一些特殊要求,總的來說：干燥，無油，導電。
1、形貌形態，必須耐高真空。
例如有些含水量很大的細胞，在真空中很快被抽干水分，細胞的形態也發生了改變，無法對各類型細胞進行區分；
2、樣品表面不能含有有機油脂類污染物。
油污在電子束作用下容易分解成碳氫化物，對真空環境造成極大污染。樣品表面細節被碳氫化合物遮蓋；碳氫化合物降低了成像信號產量；碳氫化合物吸附在電子束光路引起極大象散；碳氫化合物被吸附在探測器晶體表面，降低探測器效率。對低加速電壓的電子束干擾嚴重。
3、樣品必須為干燥。
水蒸氣會加速電子槍陰極材料的揮發，從而極大降低燈絲壽命；水蒸氣會散射電子束，增加電子束能量分散，從而增大色差，降低分辨能力。
4、樣品表面必需導電。
在大多數情況下，初級電子束電荷數量都大于背散射電子和二次電子數量之和，因此多余的電子必須導入地下，即樣品表面電位必須保持在0電位。如果樣品表面不導電，或者樣品接地線斷裂，那么樣品表面靜電荷存在，使得表面負電勢不斷增加，出現充電效應，使圖像畸變，入射電子束減速，此時樣品如同一個電子平面鏡。
5、在某些情況下，樣品制備變成重要的考慮因素。
若要檢測觀察弱反差機理，就必須消除強反差機理（例如，形貌反差），否則很難檢測到弱的反差。當希望EBSD背散射電子衍射反差，I和II型磁反差或其他弱反差機理時，磁性材料的磁疇特性必需消除樣品的形貌。采用化學拋光，電解拋光等，產生一個幾乎消除形貌的鏡面。 特殊情況:磁性材料，必須退磁。
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