本發明公開了從尿液中分離腫瘤細胞來源的外泌體的方法，依次包括：先對尿液樣本進行凍干處理，再使用抽提試劑提取總外泌體，然后使用抗體標記磁珠吸附，分離純化出腫瘤細胞來源的外泌體。本發明方法不僅克服了目前由于提取試劑盒只能提取少量尿液而無法達到大規模篩選或表達檢測的實驗要求的缺陷，實現了在尿液中獲得可檢測濃度的外泌體，而且，還克服了現有檢測總外泌體腫瘤特異性低的缺陷，從而在尿液中能準確檢測到腫瘤來源的外泌體生物信息。本發明方法具有無創取樣、特異性強、方便易行、價格低廉、且能直接用于后續檢測的優勢，具有較高的臨床推廣應用價值。