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植物根系掃描系統的WinRHIZO軟件可以讀取TIFF，JPEG標準格式的圖像。針對獲取的圖像，利用插入解密的軟件，同時配合廠家針對掃描儀配置的Scanner.cal校準文件，對掃描獲得的高質量根系圖像進行分析。
植物根系掃描系統利用高質量圖形掃描儀獲取高分辨率植物根系彩色圖像或黑白圖像，該掃描儀在掃描面板下方和上蓋中安裝有專門的雙光源照明系統，并且在掃面板上預留了雙光源校準區域。
植物的根系是生命的源頭，沒有了根的植物是無法存活的，無論是生長在土壤里的，還是水生的植物，所以植物的根系對植物的生長是至關重要的，而且對農業生產和環境治理，都有非常重要的作用。分析植物的根系，可以幫助農業生產的發展和環境治理的進程。
儀器原理：
采用非統計學方法測量計算出交叉重疊分根系長度、直徑、面積、體積、根尖等基本的形態學參數;利用軟件的色彩等級分析功能，還可以對根系顏色進行分析，從而進行根系存活數量、根系生長和營養狀況等方面研究;利用軟件的高級分析功能，還可以對完整的植物根系圖像進行根系連接分析(研究根系分支角度、連通性等形態特征)、根系拓撲分析(研究根系連接數量、路徑長度)和根系分級伸展分析(記錄根系整體等級分布情況)。從而滿足研究者針對植物根系不同類別和層次的研究。
儀器組成：
1、 圖像撲捉系統：經過廠家調試的標準根系掃描設備，匹配專門的光源、具有自動校正特點、根系固定裝置等
2、 根系分析系統：基本版 /標準版 /專業版WinRHIZO分析軟件
3、 說明書
4、 電腦
