GC-MS氣相色譜質譜聯用儀的主要操作都由計算機控制進行，這些操作包括利用標準樣品(一般用FC-43)校準質譜儀，設置色譜和質譜的工作條件，數據的收集和處理以及庫檢索等。這樣，一個混合物樣品進入色譜儀后，在合適的色譜條件下，被分離成單一組成并逐一進入質譜儀，經離子源電離得到具有樣品信息的離子，再經分析器、檢測器即得每個化合物的質譜。這些信息都由計算機儲存，根據需要，可以得到混合物的色譜圖、單一組分的質譜圖和質譜的檢索結果等。根據色譜圖還可以進行定量分析。因此，GC-MS是有機物定性、定量分析的有力工具。

儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構成兩級真空機組以確保所需的真空。被分析樣品經毛細管柱分離，進入離子源。采用電子電力標準配置(EI)，產生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統。四極桿在高頻電壓與正負電壓聯合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四極場運動方程的離子才能通過四極桿對稱中心到達離子檢測器，再經離子流放大器放大，產生質譜信號。得到了質譜圖，通過解釋譜圖或進行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。

1、載氣體的使用

氣體純度必須達到99·999%，并使用專用鋼瓶灌裝，載氣純度不夠，或剩余的載氣量不夠時，會造成m/z28譜線豐度過大，根據所用載氣質量，當氣瓶的壓力降低到幾個MPa時，應更換載氣，以防止瓶底殘余物對氣路的污染。

2、載氣凈化

一般載氣進入色譜前都需經過凈化，除去載氣中的殘留烴類化合物、氧、水等雜質，以提高載氣的純度，延長色譜柱使用壽命，減少色譜柱固定相流失，而且很大程度地降低背景噪音，使基線更加穩定。建議安裝一個高容量脫氧管和載氣凈化器或使用復合型載氣凈化管。凈化裝置應及時更換，脫氧管使用時間過長，吸附的氧氣會隨著載氣進人儀器，導致m/z32的譜線豐度過大。市售的脫氧管通常會用氮氣進行飽和，安裝時，必須用氦氣將脫氧管內和管線里的氮氣吹掃干凈，再接至儀器上。

GC-MS氣相色譜質譜聯用儀是在常壓下工作，而質譜儀需要高真空，因此，如果色譜儀使用填充柱，必須經過一種接口裝置一分子分離器，將色譜載氣去除，使樣品氣進入質譜儀。如果色譜儀使用毛細管柱，則可以將毛細管直接插入質譜儀離子源，因為毛細管載氣流量比填充柱小得多，不會破壞質譜儀真空。