真空轉印儀使用需要剪一塊尼龍膜，要求其大小比窗口密封墊的邊緣至少寬0.5cm。再剪一張與尼龍膜大小一致的濾紙。剪一塊窗口密封墊，要求密封墊的邊緣比膠的邊緣至少窄0.5cm。
真空轉印儀操作步驟：
1.把尼龍膜以45度角方向浸入水中，潤濕膜，然后在在合適的轉印溶液中浸潤膜。
2.把孔狀真空板置于平臺上。依次放置潤濕的濾紙，尼龍膜，用10ml的玻璃管趕走膜上的氣泡。
3.用水潤濕密封O型環。
4.把窗口密封墊置于膜上。確保密封墊覆蓋住整個O型環。同時確保密封墊覆蓋住濾紙/膜。請參照下圖進行組裝。
5.把膠輕柔的置于密封墊上，覆蓋住窗口。用玻璃管趕走氣泡，確保膠的邊緣超出密封墊至少5cm。
6.把密封框置于頂部，鎖住密封框。
7.旋松(逆時針)真空調節閥幾圈以防止強的內部真空。
8.慢慢的旋緊調節閥直到讀數為5inchesHg。如果使用Bio-Rad的真空泵，需要在轉印前預熱10分鐘。如果不預熱，真空泵升壓會比較慢，約在10分鐘后穩定。
9.沿著窗口的邊緣用手指輕輕的按住膠。此操作可幫助在膠和密封墊之間形成緊密的真空密封。
10.輕輕的倒入1000至1500ml的轉印緩沖液。檢查膠是否移位。如果膠漂浮起來了，需要拆掉密封框，排干轉膜液，重新按5至10步驟進行操作。
11.把轉印儀的蓋子蓋好。檢查緩沖液的水平面，其高度應該高于膠。檢查真空壓力，調節至5inchesHg。
12.在設定壓力下轉膜90分鐘。
轉印后這樣操作：
1.90分鐘后，關掉真空裝置。
2.打開密封框，把上層緩沖液排出。
3.拿掉轉印膠，位于窗口中的膠應該比位于窗口外的膠薄一半。檢查膠中剩余的DNA，可以用EB染色來觀察。
4.拿掉窗口密封墊和尼龍膜。把膜浸泡在2×SSC中5分鐘，然后把膜夾在兩層濾紙中在真空干燥箱中80度干燥30分鐘。干燥后的膜即可進行雜交。
5.拿掉轉印儀上的濾紙并從底盤中倒掉緩沖液，按要求清洗轉印儀。
