目前，單細胞多組學分析正在如火如荼地進行著，在各大雜志上發表了一些重磅的研究成果。也許你也很想嘗試一下，但是在那之前，你需要把
單細胞分離出來。理想狀態下的單細胞分離速度快、效率高，而實際操作可能效率低、時間長。從異質細胞群體中分離單細胞主要有人工分離、熒光激活細胞分選和微流控技術三種方法。當然，除了成熟的方法外，還不斷涌現出新的精確度和特異度分離的新方法。
如果您想要的細胞在懸浮狀態中含量相對較高，流式分選是您理想的選擇。如果樣本為實體組織，則可將膠原蛋白及其它細胞外蛋白質分解。但是酶消化對細胞的影響很大，甚至可能改變基因的轉錄狀態。將組織細胞制成懸液后，利用熒光標記進行細胞分離。再進一步獲得單細胞就比較困難了，可能需要借助微流體設備。
1.為了保持細胞活力，縮短單細胞懸液制備時間
2.考慮使用細胞篩過濾細胞團塊或雙細胞。
3.注意選擇包括分選和收集溶液的緩沖液。
4.如果您打算在分選后進行細胞培養，則使用對數生長期細胞，并確定最佳培養條件。
5.轉染細胞的分選通常在轉染后72小時進行，以便提高細胞群的存活率
6.如果用熒光抗體分離稀有細胞，染色前應將抗體離心，以除去任何熒光顆粒，這些熒光顆粒可能會被誤認為是靶細胞。
7.就單細胞基因組應用而言，不要忘記在分選之后將平板離心，以確保細胞位于孔底。
8.選擇用于評估分選細胞數量和質量的可靠分析技術。
