在細胞分選的方法里，主要包括特異性分選和非特意性分選兩類方法，兩類方法的關系有點類似定量（只針對特定目標基因進行檢測）和轉錄組測序。

        非特異性選擇的方法則通常都是高通量的方法，一般是用特定的技術隨機從樣本中捕獲的大量細胞單體，然后直接平行對大量細胞進行獨立的測序，再從大量單細胞數據中尋找自己感興趣的細胞類型進行后續分析。反轉錄擴增過程中，每個細胞的cDNA會被接上特異的接頭序列，保證后續混合測序后還能重新獨立拆分每個細胞的數據，芯片由于可以平行進行96個細胞的建庫測序，降低了成本。但是這種方式進行單細胞制備時，每個細胞的裂解和核酸擴增反應都不能很*、*，因此每個細胞最終獲得的基因數量很有限，一般在1000-2000個左右。而且無法進行細胞篩選，導致大量無用細胞的數據被記錄，大大增加了背景噪音信號。如果要增加每個細胞能獲得的基因數量，必須選擇另一種通量較低的方式進行。

       特異性選擇方法，就是用特定標志對特定目標細胞進行挑選，然后對目標細胞開展測序。這種方式雖然通量較低，但是由于每個細胞都是在單獨的PCR管中進行裂解和核酸擴增，每一步的反應都可以進行得很*，因此每個細胞最終能獲得的基因數等達到10000個左右。另外，由于特異性選擇獲得的單個細胞都是經過篩選的目的細胞，因此數據質量遠高于非特異性選擇的高通量方式。