細胞基因表達分析增加了實驗數據的可靠性
細胞基因表達分析與芯片可以為眾多研究生成高質量的數據，其精心挑選的內容提供超過180萬種預設計的引物/探針套裝，覆蓋超過30個物種，基于研究需求，通量和目標數量，具有預配置，可配置或自定義選項等可用規格。
細胞基因表達分析核酸標準品與新一代測序文庫的稀有目標檢測和定量，可以在進行實時PCR反應之前對DNA進行擴增，它可以增加用于后續反應的DNA而不改變樣本中DNA的相對量，該方法可以用來進行單細胞研究。細胞基因表達分析通過將逆轉錄（RT）和實時PCR擴增（qPCR）結合為單一反應，可以降低對樣本的操作步驟和總處理時間而獲得數據。該方法適于在很多樣本中篩查少數目標的情況，或當使用自動移液系統時。
細胞基因表達分析無需進行核酸純化，使實驗方案顯著簡化并使樣本準備過程簡化至僅需幾分鐘。單細胞分離的另一種方法是顯微操作，它利用玻璃微針，每次捕獲一個細胞，并轉移到目的容器中。這個過程可手動開展，或通過自動化系統開展，適合低復雜度的樣品，但略顯沉悶。
細胞基因表達分析經常被用來測定目的基因的表達情況。它的應用依據是，具有穩定表達的基因做內參以糾正不同樣品間的誤差（除了要測定的表達之外的誤差，比如，可能是由于細胞活性、數量等造成的測量誤差）。但是這個方法因需要不同的報告基因做發光測定而需要加入兩或三種不同的底物，這就會因不同底物所需的佳實驗條件不同而造成測定相對嚴格的基因表達量時的誤差。
細胞基因表達分析可以用同一種底物發出不同顏色的光信號，更為重要的是因減少了反復加入淬滅液和不同底物的步驟，既提高了實驗效率，又減少了淬滅液對細胞造成的傷害，從而增加了實驗數據的可靠性。
細胞基因表達分析主要用于長時間的基因表達檢測（多可以同時檢測三種基因表達）、藥物刺激響應、細胞凋亡、轉染效率等具體實驗，涵蓋了包括如晝夜節律、時鐘基因等方面研究的時間生物學，基因功能研究的細胞生物學、發育生物學，醫藥研究和藥物研發的篩選和藥物遞送等多領域。細胞基因表達分析內置溫度控制系統和CO2輸入系統，可以邊培養細胞邊監測。
