冷卻循環水中的微生物來自兩個方面，一是冷卻塔在水的蒸發過程中需要引入大量的空氣，微生物也隨空氣帶入冷卻水中，二是冷卻水系統的補充水或多或少都會有微生物，這些微生物也隨補充水進入冷卻循環水系統中。
藻類在日光的照射下，會與水中的二氧化碳、碳酸氫根等碳源起光合作用，吸收碳素作營養而放出氧，因此，當藻類大量繁殖時，會增加水中溶解氧含量，有利于氧的去極化作用，腐蝕過程因此而加速。微生物在循環水系統中的大量繁殖，會使循環水顏色變黑，發生惡臭，污染環境。同時會形成大量黏泥使冷卻塔的冷卻效率降低，木材變質腐爛。黏泥沉積在換熱器內，使傳熱效率降低和水頭損失增加，沉積在金屬表面的黏泥會引起嚴重的垢下腐蝕，同時它還隔絕了緩蝕阻垢劑對金屬的作用，使藥劑不能發揮應有的緩蝕阻垢效能。微生物黏泥除了會加速垢下腐蝕外，有些細菌在代謝過程中，生物分泌物還會直接對金屬構成腐蝕。所有這些問題導致循環水系統不能長期安全運轉，影響生產，造成嚴重的經濟損失。因此，微生物的危害與水垢、腐蝕對冷卻水系統的危害是一樣的嚴重，甚至可以說，三者比較起來控制微生物的危害是首要的。
冷卻循環水的垢除了有無機垢之外，還有污垢，這些污垢往往是由于地表水中總夾雜有許多泥沙，腐殖質以及各種懸浮物和膠體物，同時也可能是由于水中進入了較多的粉塵，導致水的濁度升高。而結無機垢的主要原因還是由于水的蒸發，導致水中成垢離子濃度增加。
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