化工儀器網(wǎng)
技術(shù)文章
研究對分選出的血液免疫細(xì)胞群體中的蛋白編碼基因進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析
閱讀：463 發(fā)布時(shí)間：2020-1-3作者：互聯(lián)網(wǎng) 日期：2019-12-31
在臨床和研究環(huán)境中，血液都是對人類進(jìn)行分子分析的主要來源，并且是許多治療策略的目標(biāo)，這突顯了需要對構(gòu)成人類血液的細(xì)胞進(jìn)行全面的分子圖譜構(gòu)建。人類蛋白質(zhì)圖譜計(jì)劃是一個(gè)開放式數(shù)據(jù)庫，旨在通過整合各種組學(xué)技術(shù)（包括基于抗體的成像）來繪制所有人類蛋白的圖譜。
在此之前，人類蛋白質(zhì)圖譜包括來自外周血單核細(xì)胞的基因表達(dá)信息，但不包括來自許多其他血細(xì)胞亞群的基因表達(dá)信息。為了提高分辨率，人們需要對血液中的細(xì)胞進(jìn)行了深入表征，以提供人血細(xì)胞中基因表達(dá)的詳細(xì)細(xì)節(jié)，并將它們與體內(nèi)的其他組織相關(guān)聯(lián)在一起。
在一項(xiàng)新的研究中，來自瑞典卡羅林斯卡研究所等研究機(jī)構(gòu)的研究人員對通過流式細(xì)胞儀分選技術(shù)分離出的18種經(jīng)典免疫細(xì)胞群體進(jìn)行了基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)的表達(dá)分析。將血細(xì)胞表達(dá)譜與組織表達(dá)譜相結(jié)合在一起，包括來自外部來源的轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)以擴(kuò)大這個(gè)開放式數(shù)據(jù)庫中包含的組織類型和大腦區(qū)域的數(shù)量。依據(jù)血細(xì)胞和組織中的表達(dá)特異性和分布對蛋白編碼基因進(jìn)行了全基因組分類。
這些研究人員提供了人體血細(xì)胞中所有蛋白編碼基因的表達(dá)圖譜，并根據(jù)人體所有主要組織和器官中所有蛋白編碼基因的特異性和分布進(jìn)行分類。對血細(xì)胞RNA表達(dá)譜進(jìn)行全基因組分析可以鑒定出在各種免疫細(xì)胞中的表達(dá)水平上調(diào)的基因，從而確認(rèn)了之前已知的蛋白標(biāo)志物，而且還鑒定出新靶標(biāo)以進(jìn)行深入分析。有1448個(gè)蛋白編碼基因在單個(gè)免疫細(xì)胞類型中大量地表達(dá)。進(jìn)一步研究相應(yīng)的蛋白以探索與各個(gè)細(xì)胞表型相關(guān)的生物學(xué)功能將是有趣的。
所有細(xì)胞類型富集和群體富集的基因網(wǎng)絡(luò)圖顯示，許多細(xì)胞類型富集的基因存在于中性粒細(xì)胞、酸性粒細(xì)胞和漿細(xì)胞樣樹突細(xì)胞中，而T細(xì)胞和B細(xì)胞中的許多表達(dá)水平上調(diào)的基因在這些淋巴細(xì)胞的不同亞群中發(fā)生群體富集。為了說明這種資源的有效性，這些研究人員揭示了已知會導(dǎo)致人類原發(fā)性免疫缺陷的基因在細(xì)胞中的分布，并發(fā)現(xiàn)其中的許多基因在目前與這些疾病無關(guān)的細(xì)胞中表達(dá)，這就揭示了這種全局圖譜如何幫助科學(xué)家們更好地了解特定基因在人體不同細(xì)胞和組織中的功能。
這些研究人員對分選出的血液免疫細(xì)胞群體中的蛋白編碼基因進(jìn)行了全基因組范圍內(nèi)的轉(zhuǎn)錄組分析，以描述所有細(xì)胞類型中每個(gè)基因的表達(dá)水平。所有數(shù)據(jù)均作為人類蛋白質(zhì)圖譜（Human Protein Atlas）的一部分提供在交互式的可以開放存取的血液圖譜（Blood Atlas）中，并與所有主要組織的表達(dá)譜整合在一起，以提供所有蛋白編碼基因的空間分類。這允許對人類免疫細(xì)胞群體中的表達(dá)譜以及所有主要人類組織和器官中的表達(dá)譜進(jìn)行全基因組探索。