加熱迅速
傳統熱萃取是以熱傳導、熱輻射等方式自外向內傳遞熱量，而微波萃取是一種“體加熱”過程，即內外同時加熱，因而加熱均勻，熱效率較高 [4]  。微波萃取時沒有高溫熱源，因而可消除溫度梯度，且加熱速度快，物料的受熱時間短，因而有利于熱敏性物質的萃取。
選擇性加熱
由于微波可對萃取物質中的不同組分進行選擇性加熱，因而可使目標組分與基體直接分離開來，從而可提高萃取效率和產品純度。
節能
常規加熱設備的能耗主要有物料升溫的熱損失、 設備預熱及向外界散熱的損失，后兩項的熱損失占總能耗的比例很大，使常規加熱能量利用率較低 [4]  。 微波加熱時，主要是物料吸收微波能，金屬材料只能反射而不能吸收微波。 因此，微波加熱設備的熱損失僅占總能耗的極少部分。 再加上微波加熱不需要高溫熱介質，絕大部分微波能量被物料吸收轉為升溫的熱量，形成能量利用率高的加熱特征，與傳統的溶劑提取法相比，可節省50%~90%的時間。
易于控制
控制微波功率即可實現立即加熱和終止，而應用人機界面和PLC可實現工藝過程的自動化控制。
安全環保
微波萃取過程中，無有害氣體排放，不產生余熱和粉塵污染。
伴隨產生生物效應
微波加熱過程中除產生熱效應外，還可伴隨產生生物效應( 非熱效應) [3]  。 由于生物體內的水分是極性分子，在微波的交變電磁場作用下引起強烈的極性震蕩，導致細胞分子間氫鍵松弛，細胞膜結構破裂，加速了溶劑分子對基體的滲透和待提取成分的溶劑化。