從1993年發現miRNA開始,有關miRNA的探索與發現就沒有停止過。miRNA雖只有很短的一段核苷酸,卻通過調控大量的靶基因,在基因表達中扮演了重要角色。小身體,大能量,說的就是它——microRNA(簡稱miRNA)。
miRNAs是一類長約20nt~24nt長度的單鏈小RNA,由細胞內源產生的發卡(hairpin)結構轉錄本加工而來。miRNAs的加工成熟是一個經歷了細胞核到細胞質空間轉變、多種酶和輔助蛋白協調完成的受到多層次調節的多步驟精密反應:1)DNA經過轉錄形成初級產物pri-miRNA;2)pri-miRNA在核內經Drosha酶剪切形成miRNA前體pre-miRNA;3)pre-miRNA轉運至胞漿,經Dicer酶剪切形成成熟的miRNA。miRNA的功能主要是沉默靶基因表達:在RISC沉默復合體協助下,miRNA與其靶基因mRNA的3'-UTR(3'端的非翻譯區)結合,抑制轉錄或誘導mRNA降解,從而抑制蛋白翻譯。
因為miRNA的長度比較短,因此用常規的qPCR法很難對其直接定量。所以,在針對miRNA的PCR技術中,必須要延長待測miRNA的長度,構建出一個足夠長的PCR模板,才能進一步應用PCR技術來定量分析。現在常用的對miRNA的定量方法主要有兩種,分別為莖環引物法、加尾法。
頸環引物法
需要自己設計一種特殊的莖環結構的反轉錄引物,一般長度約為45bp。整個莖環法逆轉錄引物由兩個部分組成:①通用的莖環結構,自身形成的莖環結構不僅能夠有效地延長miRNA的逆轉錄產物長度,同時它自身互補的構象可以避免與其他同源基因結合,減少了非特異性擴增的幾率。② 5~8個與目的miRNA的3’端反向互補的堿基。莖環結構的逆轉錄引物與miRNA 分子的3’端結合,并在逆轉錄酶的作用下進行反應,獲得人為加長的miRNA第1鏈cDNA。
莖環反轉錄法利用可以正確折疊為莖環結構的引物對miRNA進行反轉錄,以獲得人為加長后的miRNA cDNA第1鏈,然后利用合適的退火溫度將反轉錄引物的莖環結構打開并與PCR擴增的正反向引物結合,再通過染料法或探針法進行熒光定量PCR檢測。這種方法的特異性較高,但是對引物的要求也很高,需要引物在反轉錄階段形成莖環式的正確構型,因此設計起來較為繁瑣和困難。而且針對同一樣本中不同的目的miRNA,就需要配制不同的逆轉錄體系。所以這種方法比較適合對樣本中少量幾個miRNA的精確定量檢測。
加尾法
加尾反轉錄法利用poly(A)聚合酶為成熟的miRNA加上poly(A)尾巴,然后用5’端帶通用標簽的Oligo-dT作為反轉錄引物,獲得人為加長的miRNA cDNA第1鏈,后用與通用標簽序列互補的反向引物進行染料法或者探針法的熒光定量PCR檢測。這種方法可以批量地將所有成熟miRNA加上poly(A)尾巴,然后進行反轉錄和檢測,無需繁瑣的引物設計,因此被很多實驗室采用。
Genecopoeia基于加尾法的All-in-One™ miRNA qRT-PCR 系列試劑盒和驗證引物,用于miRNA表達量的高效檢測。
All-in-One™ miRNA qRT-PCR 系列試劑盒包括All-in-One™ miRNA qRT-PCR Detection Kit(miRNA檢測試劑盒)、All-in-One™ miRNA First-Strand cDNA Synthesis Kit(miRNA逆轉錄試劑盒)和All-in-One™ miRNA qPCR Kit(miRNA定量試劑盒)。其中All-in-One™ qRT-PCR Detection Kit包括RT(逆轉錄)和qPCR(定量檢測)兩部分試劑,利用基于SYBR® Green的qPCR技術,可對低至20 pg的Total RNA(或者低至10 pg的small RNA)進行快速、準確定量。
miRNA qPCR定量檢測試劑盒:
多合一miRNA第1鏈cDNA合成試劑盒2.0,貨號:QP113;
多合一miRNA qRT-PCR檢測試劑盒2.0,貨號:QP115
All-in-One™ miRNA系列試劑靈敏度高、特異性強、性價比高
驗證引物
HsnRNA U6 primer,貨號:HmiRQP9001;
M丨snRNA U6 primer,貨號:MmiRQP9002
All-in-One™ miRNA 驗證引物
引物驗證結果
All-in-One™ miRNA qPCR pimer經驗證產生單一擴增產物,融解曲線均呈單一銳鋒,電泳條帶均呈單一條帶,且與目標miRNA相符。由10種人組織混合樣本的總RNA經逆轉錄形成的cDNA作為引物驗證的模板。qPCR反應由終濃度0.2 µM的引物和All-in-One™ qPCR Mix配合完成。(A)驗證結果的擴增曲線,(B)驗證結果的熔解曲線。
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