傅里葉變換紅外顯微鏡具有令人難以置信的快速成像特點。在圖像中，每個像素由一個完整的光譜組成。該光譜數據可用于渲染假彩色圖像，強調樣品的化學結構或成分等特性。成像在所有測量模式中都具有較好的空間分辨率和靈敏度。可輕松、精確地評估片劑、聚合物或其他材料的均勻性，或對污染進行化學表征。
傅里葉變換紅外顯微鏡的特點為：
①靈敏度高，檢測限可降低，幾納克的樣品就能獲得很好的紅外光譜圖；
②能進行微區分析，其測量孔徑可到8微米或更小，在觀察下，可方便地根據需要選擇樣品不同部分進行分析。對非勻相樣品可在顯微鏡下直接測量樣品各個相的紅外光譜圖。對于固體不均勻混合物，可直接測定各個固體微米區域組分的紅外光譜圖；
③樣品制備簡單，對不透光樣品可直接測定反射光譜；
④光路調節簡單，顯微觀察與紅外光譜分析是同一光路，容易實現對樣品待分析部位定位；
⑤分析過程中可保持樣品原有形態和晶型，樣品不被破壞。
傅里葉變換紅外顯微鏡的部分應用領域如下：
1、應用于研究物質的分子振動光譜，用于有機合成產物及其中間體、天然產物結構測定、藥物結構測定及定量分析，藥物的晶型鑒別。
2、高分子材料（塑料、橡膠、纖維、粘合劑、油墨及涂料等）、復合或填充高分子材料、口腔材料、珠寶、礦物等材料的成分研究及表面結構分析。
3、藥物、食品、表面活性劑、農藥等中的有機成分、無機成分的分析。
4、化學反應動力學的研究，連續監測不同階段物質的結構變化。
5、材料微區、材料污染物或微量樣品的成份分析。
6、氣體的成份分析。
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