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安捷倫紅外顯微鏡在生物學中的應用范圍是有限的。當用可見光觀察不透明的某些物體時，在較溉的紅外光區域就會變得透明，這種效應已經被用于研究在某些昆蟲中發現的滲入黑色素的甲殼質層。但是，某些有機物質在2-30微米波長范圍內的吸收特性實際上并沒有應用到生物學物質的定性和定量的顯微研究中，除了儀器和像的記錄問題而外，也由于在這種波長范圍內分辨力的損失已經變得十分引人注目。一個數值孔徑為0.6物鏡的小分辨距離大約與所使用的光線的波長是相等的，這就意味著使用一個這樣孔徑的反射物鏡，以波長為10μm的紅外光觀察一個直徑為10μm左右的細胞幾乎是不可能的。

 

安捷倫紅外顯微鏡技術原理

在技術上使用紅外光與使用可見光相比較，差異并不像使用紫外光那樣大。對于直到波長為1500nm的紅外光來說，一般的標準物鏡仍然是可以用的。當然，在波長超過1000nm時，像的質量就開始受到損害，這主要是由于球面差。既就是使用專門設計用于紅外光的消色差物鏡，在波長超過1200nm時，色差也會變得明顯起來。

當紅外光的波長達到3000nm時，玻璃就變得不透明了，這時必須使用象碘化這樣的特殊材料制作透鏡，但是使用這種材料要制造出在足夠寬的波長范圍內的矯正透鏡仍然是困難的。對于被長超過1500nm范圍的紅外光，經常使用反射物鏡或反射一折射物鏡。

在理論上，在一個安捷倫紅外顯微鏡中可以用波長直到20μm的紅外光形成物體的像，然而要制造較高孔徑的反射物鏡卻是相當困難的。對于取決于孔徑的分辨力來說，小孔徑是更大的缺點，而且分辨力會隨著波長的增大而相應地減小。因此，既就是使用近紅外光，在分辨力上的損失也是十分明顯的。