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李時珍出身三代相傳的醫戶人家，祖父是一個醫生，父親李言聞，又名李月池，也是當地有名的醫生，曾做過“太醫吏目”。他不僅有豐富的臨床經驗、而且在醫學理論上也有相當的修養，后來李時珍稱贊自己的父親在診斷疾病方面的知識是“精詣奧旨，淺學未能窺造”。據記載李言聞著有《四診發明》、《艾葉傳》、《人參傳》、《痘疹證治》等。李時珍從小就在這種環境中熏陶著。

在封建社會里，醫生的地位非常低下，常與“”、“賣卦”的人相提并論，有時還遭到官僚、地主和豪紳們的欺壓。這股勢力在明代更甚，當時還規定“醫戶”人家不能改行，這種輕視醫生的社會風氣，促使李言聞產生了改換醫戶地位的想法，決定讓李時珍走科舉道路，這樣可以取得一官半職，榮宗耀祖，因此，要求李時珍每天背誦《四書》、《五經》，準備迎接科舉考試。

李時珍從小愛好讀書，在14歲那年考中秀才，后來參加鄉試考舉人，三次都失敗了。有一年，蘄州一帶，河水上漲，淹沒了田地，又淹沒了市巷，農田荒蕪，疫情嚴重，腸胃病到處流行。蘄州官府舉辦的“藥局”，不替窮人看病，窮人有病，都來找李時珍的父親醫治，臨走時，個個都道謝不絕。這一切都被李時珍看在眼里。李時珍20歲的那年，身患“骨蒸病”（肺結核），連續不斷地咳嗽和發燒，幾乎把命送掉，幸得父親的精心診治，用一味黃芩湯把病治好了。李時珍愈想愈不愿走科舉道路，向父親表示，立志學醫，做一個為病人解除痛苦的好醫生，父親看他態度堅決，也只好答應了。