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ATCC菌種退化的主要原因是有關基因的負突變。當控制產量的基因發生負突變，就會引起產量下降；當控制孢子生成的基因發生負突變，則使菌種產孢子性能下降。一般而言，菌種的退化是一個從量變到質變的逐步演變過程。開始時，在群體中只有個別細胞發生負突變，這時如不及時發現并采用有效措施而一味移種傳代，就會造成群體中負突變個體的比例逐漸增高，zui后占優勢，從而使整個群體表現出嚴重的退化現象。因此，突變在數量上的表現依賴于傳代，即ATCC菌種處于一定條件下，群體多次繁殖，可使退化細胞在數量上逐漸占優勢，于是退化性狀的表現就更加明顯，逐漸成為一株退化了的菌體。同時，對某一菌株的特定基因來講，突變頻率比較低，因此群體中個體發生性能的突變不是很容易的，但就一個經常處于旺盛生長狀態的細胞而言，發生突變的機率比處于休眠狀態的細胞大得多，因此，細胞的代謝水平與基因突變關系密切，應設法控制細胞保藏的環境，使細胞處于休眠狀態，從而減少ATCC菌種的退化。