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菌種培養是一些小型絲狀真菌的統稱，并不是分類學名詞，在分類學上分別屬于藻狀菌綱、子囊菌綱與半知菌類。霉菌菌體均是由分支或不分支的菌絲構成的，許多菌絲交織在一起稱為菌絲體。霉菌的菌絲依據其形態構造可分為無隔菌絲和有隔菌絲；依據其功能可分為營養菌絲、氣生菌絲和繁殖菌絲；霉菌的繁殖主要靠形成各種各樣無性或有性孢子來完成。菌絲體的形態特征及抱子的形成方式與形態特征是霉菌分類與鑒定的重要依據。
觀察霉菌時，若用水做介質制備其鏡檢標本片，菌絲常因滲透作用而膨脹、變形，且孢子在水中容易分散，難以保持其自然著生狀態。此外，由于水分蒸發快，也不適于進行長時間觀察。采用乳酸苯酚混合液制備霉菌鏡檢標本，可使菌絲透明、柔軟、不變形、不易折斷、不易干燥、能保持較長時間。
觀察菌種培養的方法很多，常用的有直接取菌壓片觀察法、載片培養觀察法玻璃紙透析培養觀察法及瓊脂槽培養觀察法等。直接取菌壓片觀察法具有簡便、快速、不需特殊培養的優點，但挑取菌絲時，由于菌絲受外力作用而不能保持原有著生狀態。對于產生小而易碎孢子頭的霉菌（如青霉、曲霉、木霉等），制備較完整而又清楚的載片標本有一定困難，采用載片培養觀察法可克服這一難點。載片培養又稱小室培養，是把微生物接種在載玻片中央的小塊培養基上，然后蓋上一蓋玻片，讓微生物在兩玻片之間的狹窄空間中進行生長發育，于是可得到一個微生物朝著接近水平面生長的自然生長狀態的標本，便于在顯微鏡下觀察。為得到清晰、完整、保持自然生長狀態的霉菌形態標本，還可以采用玻璃紙透析培養法，此法是利用玻璃紙的半透膜特性及透光性。將玻璃紙覆蓋在瓊脂培養基表面，培養基中的營養成分可通過滲透作用透過玻璃紙，所以微生物在玻璃紙上能夠生長。剪取小片玻璃紙貼在載玻片上用顯微鏡觀察。可以取得與載片培養觀察法同樣的效果。瓊脂槽培養觀察法是在已凝固的瓊脂平板上挖兩條小槽，把霉菌的抱子或菌絲接種在槽內，然后將無菌蓋玻片插于槽內或蓋在槽上，將此平板置于合適的溫度下，菌種培養培養過程中隨時觀察或培養后直接置于顯微鏡下觀察，也可小心地將蓋玻片取下放在顯微鏡下觀察。