藍色熒光DAPI常用于細胞核染色,優先與雙鏈DNA結合,可與小溝中的AT結合。DAPI與雙鏈DNA結合后,由于DAPI和小溝中的水分子被置換,可產生20倍的熒光強度。DAPI亦可與RNA結合,但結合的模式不同。DAPI/RNA復合體與DAPI/DNA復合體相比,發射波長較長(前者約500nm,后者約460nm)。在多色熒光染色技術中,DAPI也是較常用的核復染劑。其藍色熒光可與綠色、黃色或紅色熒光形成鮮明的對比。DAPI可特異性的染核,幾乎不標記細胞質。
抗熒光淬滅封片液是一種用于減緩熒光淬滅的封片試劑。可以用于減緩各種常見熒光染料的熒光淬滅。本品含有DAPI,可同時完成細胞核染色和封片、操作更便利,只需在封片時用移液器滴加一滴本品在樣本上,蓋上蓋玻片即可。