一、產物直接純化
PCR擴增完成后需要進行瓊脂糖凝膠電泳檢測，在條帶單一無其他雜帶的情況下，可以直接對產物進行純化，常見的純化方法有：
1、硅膠層析柱法
原理：大多數離心柱中吸附DNA的是一層硅膠膜，實際上就是一層玻璃纖維，其表面有大量修飾的硅羥基（Si-OH），硅羥基在溶液中解離后帶負電，然后與帶正電鹽離子、帶負電DNA形成電橋，從而吸附住DNA，使得DNA雙鏈變單鏈，不會被生物大分子溶劑洗脫，但能經水溶性緩沖液水化后，被定量回收，從而實現純化分離。
圖1 硅膠層析原理示意圖
圖2 硅膠層析流程簡圖
2、磁珠法（abs60151）
原理：磁珠是有磁性的能吸附DNA的物質，其內部核心是鐵離子，在磁場作用下可以吸附在磁體上。在核心外，經過羧化，帶有羧基基團，在特定的離子條件下，可以與DNA結合。結合后，在外磁場的作用下，磁珠與DNA結合體移動到磁體周圍，可以很方便去除其他多余的液體，這時，不能與磁珠結合的所有雜質都隨水溶液一并去除。然后，在洗脫條件下，DNA與磁珠分離，溶解在水中，將溶解有DNA的溶液轉移，就得到了純化后的DNA樣本。
圖3 磁珠法結構示意圖
圖4 磁珠法純化DNA流程簡圖
3、其他純化方法
①滲透液結合醇沉純化
原理：利用分子大小不同，小分子的物質能夠通過滲透膜溶解到大量的溶液中去，而大分子的物質不能通過滲透膜，所以繼續留存在透析袋中，通過乙醇沉淀最后達到去除小分子物質，得到純化的有機大分子的效果。
②直接沉淀純化
原理：DNA分子在高鹽離子醇溶液中會被沉淀出來，而其他物質繼續溶液在溶液中，沉淀出來的DNA分子經過離心與溶液成分分開，達到純化的目的。
不同純化方法對比
純化方法 | 硅膠層析柱法 | 磁珠法 | 滲透液純化 | 沉淀純化 |
純化介質 | 硅膠膜 | 磁珠 | 滲透膜 | 乙醇/異丙醇 |
優勢 | 操作簡便、快速、安全，產物純度高隨時用于下游實驗 | 產物純度高；通量高，可實現自動化；操作簡便、快速、安全；高靈敏度 | 樣本處理體積靈活，產量高，成本低 | |
劣勢 | 存在堵柱風險；對樣本起始量有限制；難以實現自動化操作，大批量處理費時費力；小于100bp的DNA段難以吸附 | 需要搭配磁力架或者儀器使用，成本較高；部分DNA難以被抓取導致回收率低；小于100bp的DNA段難以吸附 | 安全性低，無法進行高通量提取、純度較低 | |
選擇依據 | 樣本起始量較充足，但數量不多，需要操作簡便省時，且提取出的DNA能用于絕大多數下游實驗的實驗室 | 下游需要高純度的DNA，需要大批量處理，能夠支持自動化提取的實驗室 | 時間充足，樣本量充足，想節省成本的實驗室 | |
二、凝膠回收純化
如電泳檢測結果存在非特異性條帶，則需要將目的條帶切出來，再用膠回收試劑盒（abs60098）對凝膠進行回收純化，相較于直接純化，只是多了一步溶膠的過程，相應的產物純度提高，回收率則下降。
結語：
在PCR擴增完成后，反應體系中除了DNA段，還存在離子、dNTP、引物及聚合酶等物質，這些物質會影響后續克隆測序等實驗，因此對其產物進行純化是必*步驟，不同的純化手段各有自己的優缺點，老師們可以根據自己的需求選擇適合自己的方法。
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