實時定量pcr儀是在從PCR基礎上發展起來的，功能強大的多的一種在DNA擴增的同時可以實時檢測核酸產物的方法。它用熒光化學物質對PCR進程進行實時檢測，得到每次聚合酶鏈式反應（PCR）循環后產物總量的方法。通過與同時被測量的參考DNA濃度的比較，定量計算出待測基因的濃度。
從儀器的技術含量角度看，qPCR儀，即實時熒光定量PCR儀技術及制造難度比PCR儀高的多，儀器的價值同樣也高得多。
實時定量pcr儀所使用的熒光物質可分為兩類：熒光探針和熒光染料。現將其原理簡述如下：
1. TaqMan熒光探針：PCR擴增時在加入一對引物的同時加入一個特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。探針完整時，報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收；PCR擴增時，Taq酶的5'－3'外切酶活性將探針酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，從而熒光監測系統可接收到熒光信號，即每擴增一條DNA鏈，就有一個熒光分子形成，實現了熒光信號的累積與PCR產物形成*同步。而新型TaqMan-MGB探針使該技術既可進行基因定量分析，又可分析基因突變（SNP），有望成為基因診斷和個體化用藥分析的心儀技術平臺。
2. SYBR熒光染料：在PCR反應體系中，加入過量SYBR熒光染料，SYBR熒光染料非特異性地摻入DNA雙鏈后，發射熒光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加*同步。SYBR僅與雙鏈DNA進行結合，因此可以通過熔解曲線，確定PCR反應是否特異。
3. 分子信標：是一種在5和3末端自身形成一個8個堿基左右的發夾結構的莖環雙標記寡核苷酸探針，兩端的核酸序列互補配對，導致熒光基團與淬滅基團緊緊靠近，不會產生熒光。PCR產物生成后，退火過程中，分子信標中間部分與特定DNA序列配對，熒光基因與淬滅基因分離產生熒光 。實時定量pcr儀
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