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癌癥臨床檢驗高通量基因測序解決方案
閱讀：3227發布時間：2018-4-20
TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）
Illumina公司的泛癌panel通過高度多重靶向重測序方法，使用212個擴增子靶向48個基因檢測癌癥基因組數百個突變熱點中的體細胞突變。適合臨床快速地發現、驗證和篩選癌癥相關遺傳變異。
TSACP臨床應用可行性驗證文獻
文章驗證了TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）應用臨床實驗室的可行性
Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory
Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA
文章背景：新一代測序的發展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測。對于包括癌癥在內的多種疾病，了解病人目標基因全面的突變情況有助于護理、臨床試驗以及進一步研究。
目的：驗證一個泛癌的高通量檢測是否適合臨床使用。
設計：從68份臨床樣本和5份正常對照中提取DNA。其中64份 用TruSeq Amplicon Cancer Panel（illumina公司）成功處理，運行4次完成測序。數據使用4種不同filter設置分析（測序深度和突變頻率cutoff）。
結果 ：40個樣本構建的文庫能在一次運行中成功測序，并且測序深度足夠進行穩健的數據分析。使用臨床樣本和對照品的稀釋表明突變檢測靈敏度低至5%。檢測具備高重復性和可重復性，并且與臨床驗證的Sanger測序結果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel（Thermo公司）做對比檢測，97% 的突變兩種panel都檢測到了。
結論：驗證了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel，作為癌癥相關42種基因熱點突變的檢測適合用于臨床檢驗的常規使用。
方法和產品
DNA提取
血液和骨髓樣本DNA提取：QIAamp DNA Mini Kit （Qiagen公司）
FFPE樣本：QIAamp DNA FFPE kit （Qiagen公司）
FNA樣本：QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)
DNA定量 ：Qubit dsDNA BR assay（Thermo）
FFPE 和FNA樣本質控：FFPE QC Kit（illumina）
擴增子文庫制備：TruSeq Amplicon - Cancer Panel （illumina）
測序： MiSeq Reagent Kit（illumina）
Sanger測序等驗證產品略
訂購信息
品牌 | 產品 | 貨號 | 規格 |
Qiagen | QIAamp DNA Mini Kit | 51304 | 50次 |
Qiagen | QIAamp DNA FFPE kit | 56404 | 50次 |
Qiagen | QIAamp DNA Micro Kit | 56304 | 50次 |
Thermo | Qubit dsDNA BR assay | Q32850 | 100次 |
Illumina | FFPE QC Kit | WG-321-1001 | 384次 |
Illumina | FC-130-1008 | 96 樣本 | |
Illumina | MS-102-2002 | 300次 |
自備儀器：Miseq測序儀、Qubit 熒光定量儀等
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