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實驗室一般采用差速離心或密度梯度離心的方法得到分離細胞器。

1.細胞膜的分離
細胞膜又稱質膜，分離細胞膜有助于研究生物膜的結構與功能。一般說，紅細胞膜與線粒體膜的制備用差速離心法即可，其他細胞膜的分離可根據膜組分的密度大小不同，采用梯度離心后，分布于區域，可分離得到純制品。

2.線粒體的分離
線粒體普遍存在于真核細胞中，它是細胞呼吸的主要場所，細胞活動所需能量主要依靠在線粒體內進行氧化所產生的能，線粒體的分離主要靠差速分離。

3.線粒體膜分離
線粒體膜分離方法主要是密度梯度離心。

4.聚核糖體的分離
核糖體是由核糖酸和蛋白質組成的核糖核酸蛋白顆粒，附著在粗面內質網的稱固著核糖體，分散在細胞內的稱游離核糖體，數個或數十個核蛋白體聚在一起稱為聚核糖體，一般用差速離心法可分離出聚核糖體。

5.微粒體分離
微粒體是一種脂蛋白所包圍的囊泡，含核糖核酸，蛋白質和脂類，分離微粒體的方法是利用分級離心法，去掉細胞核和線粒體后，經超速離心而制備。