賽默飛Orbitrap Eclipse三合一高分辨質譜儀從根本上提高了蛋白質定量分析的靈敏、速度和準確，以及全面定義蛋白質以及復合物的能力。 1. 采用QR5雙曲面分段四極桿，小隔離窗口可達0.4Da；

2. 改進的雙壓線性離子阱質量分析器：前部延長的高壓阱，實現高效率的捕集、快速冷卻和裂解離子，用于改善ETD和PTCR反應控制。

3．超快速掃描：Orbitrap快掃描速度40Hz，離子阱掃描快速度45Hz。

4．新的蛋白質組學定量方法: 實時檢索TMT定量方法可實現更快的數據采集，顯著提高TMT定量蛋白組學的分析性能；SureQuant定量方法用于快速精確蛋白質組定量。

5. 可選配PTCR（質子轉移電荷降低）技術：PTCR離子源是EASY-ETD離子源的延伸，產生全氟菲烷（PFPP）離子，通過降低前體離子和/或碎片離子的電荷態以簡化對復雜譜圖的解析，從而簡化復雜的自上而下(top-down)譜圖數據。

6．選配的高質量范圍MSn（HMRn）功能：Orbitrap m/z大到8000，擴大了線性離子阱隔離的質量范圍，可對完整蛋白和蛋白質復合體進行全面的多種碎裂模式MSn表征。

賽默飛Orbitrap Eclipse三合一高分辨質譜儀從根本上提高了定量蛋白質組分析的靈敏度、速度和準確性，以及全面定義蛋白質形式和蛋白質復合物的能力。HMRn（高質量范圍MSn）、PTCR（質子轉移電荷減少）和RTS（實時搜索）的加入是專門設計的功能，極大地提高了質譜識別重要生物分子的能力，并在結構上以詳細程度對它們進行研究。在保持Orbitrap Fusion Lumos三合一質譜性能的基礎上，Eclipse提升了如下主要性能：

（1）HMRn（High Mass Range MSn，高質量范圍MSn）：MSn多級質譜的分子量范圍可達到8,000 Da，包括擴展Orbitrap的m/z 至8,000和LTQ分離母離子m/z至8,000，并具有MSn（n=1~10）能力。比如使用HMRn做NativeOmics，可以用多級質譜鑒定膜蛋白的配體，更好理解蛋白的相互作用。

（2）PTCR（Proton Transfer Charge Reduction ，質子轉移電荷減少）離子源：全氟菲烷(PFPP) 離子，用于隨后雙級線性離子阱中的氣相離子反應，利用質子轉移減少母離子或子離子的多電荷態，使多電荷譜圖的質量提高、Top-down組學的解析更容易，可以更好地揭示蛋白隱藏的特征。

（3）RTS（Real-time search實時搜索）算法軟件：提供了強大的數據庫功能，當已鑒定的蛋白和初始數據庫匹配一致就標記為不再進行MS3，因此可有效縮短時間，提升1倍通量。在選擇已確定的母離子進行 SPS MS3 定量時，可提高定量準確性和TMT實驗的蛋白質組覆蓋率。

（4）雙曲面QR5 分段四極桿：增長為25 cm，并擴大直徑，提升離子傳輸效率，并可有限選擇分離0.4 Da的母離子。

（5）具有50萬分辨率，擴展選項后可達到100萬分辨率。