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液相色譜儀因其對沸點低的高分子化合物的精度較高，在生物醫藥行業有較為廣泛的應用。用來分離生物分子的聚合柱長期使用會被污染，從而較低柱效，影響檢測的速率和靈敏度。因此，須定期進行清潔。
    聚合材料的化學穩定性通常以作用力來衡量。一般情況下，主要使用硝酸或氫氧化鈉溶液來清洗。一些反相聚合色譜柱的清洗方法如用聚苯乙烯－二乙烯基苯小球和聚合單體，如CIM RP－SDVB片和Swift柱子，能耐寬的pH范圍（通常pH11～13或有時pH0～14），但使用者用強有機溶劑沖洗柱子時要注意，由其交聯度決定，當柱子用某些有機溶劑沖洗時就會膨脹或收縮。高于8～10%交聯度的聚合物通常有較好的機械性能在水溶液中收縮很少，在有機溶劑中膨脹也不大。
    再生聚苯乙烯－二乙烯基苯整體柱的方法如下：使用含0.1%的2－丙醇在一半工作流速下沖洗10個柱體積以上；100%流動相B在工作流速一半的條件下沖洗5個柱體積以上；用100%流動相A在工作流速下至少平衡10個體積以上。
    含有丁基和乙基化學物質甲基丙烯酸酯整體柱的清洗方法，清洗液相色譜硅膠鍵合反相柱上的蛋白質殘留可以通過按順序反向沖洗10個柱體積的氫氧化鈉、水、20%乙醇溶液和工作緩沖液來清除。如果有很多疏水蛋白質，使用者應該在水以后插入一個30%異丙醇或70%乙醇的步驟。
    如果要清洗或滅活微生物菌落，聚苯乙烯－二乙烯基苯可以用0.5～1.0M的氫氧化鈉*清洗。整體柱在室溫下至少要用氫氧化鈉洗一個小時。
    用傳統聚合基質裝填的柱子來分離一些溶解度很小的蛋白質如膜蛋白、結構蛋白、和病毒外殼蛋白等需要用較強的清洗條件。例如含3M鹽酸胍的50％異丙醇溶液在60℃才能把這些蛋白質除去。
    在固相樹脂中去除合成肽能產生重新激活被苯甲醚和苯硫基甲烷清除的正離子。清除正離子反應產生了大的芳香族分子，這些芳香族分子會在肽純化時污染柱子。這種污染物在C18色譜柱子上有非常高的保留沒法被100%的甲醇或乙晴洗出。要清洗這類柱子，必須把柱子反向用5體積100%異丙醇，三到五個體積二氯甲烷，然后三到五體積異丙醇，zui后到初始溶劑系統。芳香族不純物的洗脫可以通過260nm紫外檢測。