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雖然科學家們一直都知道費氏弧菌發光桿菌就是腸道微生物的主要組成部分，但是越來越多的研究發現這個過程十分復雜，不同生物體內的微生物有時能聯合起來一致對外，有時又會互相廝殺。一項研究表明一種新發現的原生動物能保護其宿主小鼠，不會受到腸道菌群的感染。
    這一研究成果是一個偶然且重要的發現，研究表明分析微生物不能局限于細菌，這至關重要。我們時常忘記微生物其實并不僅僅就是細菌，這個概念包括細菌、病毒、真菌以及一些小型的原生動物等在內的一大類生物群體，之所以稱為微生物，是因為它們個體微小，與人類生活密切相關。因此微生物是比細菌更大的類群，記住這一點也許你也能獲得與Merad一樣的重要發現。
    zui初研究人員意識到這一點是因為，他們發現他們自己培養的小鼠腸道中的免疫細胞，要比外面供應商買回來的小鼠腸道中免疫細胞要多。實驗室研究生想要看看這到底是為什么。所以他們對兩組小鼠進行了腸道清洗和研究，結果驚訝的發現西奈山本身培養的小鼠腸道中有鞭毛原生動物（flagellated protozoa，生物通譯），之后通過DNA測序，研究人員解析了這種原生動物，這是一種新的原生動物寄生蟲，他們將其命名為 Tritrichomonas musculis （T.mu）。
    進一步的研究表明，當將這種原生動物加到原來沒有它的小鼠體內，這些小鼠也會增加腸道中的免疫細胞數量，以及炎癥細胞因子的數量。就此研究人員開始深入探討其中的分子機制，他們發現 T.mu 能激活小鼠腸道上皮細胞中的 炎癥小體（inflammasome ），從而激活細胞因子。炎癥小體是由胞漿內模式識別受體(PRRs)參與組裝的多蛋白復合物，費氏弧菌發光桿菌是天然免疫系統的重要組成部分。此外研究人員還發現樹突狀細胞也是誘導炎癥反應的必需成分。
    為了確定腸道中 T.mu 會影響小鼠抗擊感染的抵抗力，研究人員又用沙門氏菌感染小鼠，發現腸道中具有 T.mu 的小鼠對沙門氏菌感染具有*的抵抗力，這一物種的保護作用非常驚人。
T.mu與dientamoeba fragilis（脆雙核阿米巴）同源，后者是在許多人體腸道中都發現過的寄生蟲，不過研究人員并不清楚是否這種寄生蟲也具有相同的包含作用。
    從發達國家去到新興城市旅游的旅客很容易出現腸道感染，這可能是原有土著人群腸道中存在原生動物，能保護他們。
    對抗病原體的戰斗決定了人類的生死存亡，只有免疫系統更強的人才能存活下來。這可能就是微生物組參與進化的一大原因，因此費氏弧菌發光桿菌找到能加強免疫力的菌群，并用于治療中，十分重要。