熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡不同，它不是通過普通光源的照明觀察標本，而是利用一定波長的光(通常是紫外光、藍紫光)激發顯微鏡下標本內的熒光物質，使之發射熒光，所以，熒光顯微鏡的光源所起的作用不是直接照明，而是作為一種激發標本的內熒光物質的能源。我們之所以能觀察標本，不是由于光源的照明，而是標本內熒光物質吸收激發的光能后所呈現的熒光現象。由此可知，熒光顯微鏡的特點，主要是它的光源能供給大量特定波長范圍的激發光，使受檢標本內的熒光物質能獲得必要強度的激發光。同時，熒光顯微鏡必須具備相應的濾光鏡系統。熒光顯微鏡是免疫熒光組織化學的基本工具。它是由超高壓光源、濾片系統(包括激發和壓制濾板)、光學系統和攝影系統等主要部件組成，是利用一定波長的光激發標本發射熒光。
1.激發熒光的方式：按光的波長范圍分為UV激發法(使用紫外線照明法)和BV激發法(使用藍紫光)兩種。UV激發法是用短于400nm的近紫外光進行激發。該法不存在可見的激發光，所以被觀察的熒光呈現該染料固有的熒光，容易判別標本上的特異熒光和背景組織的自身熒光。
2.BV激發法：是以404nm、434nm為中心的由紫外至藍光進行激發。該方法使用藍光照射標本，所以熒光觀察系統的截止濾光片必須使用可*阻斷藍光并可充分通過所需綠、黃熒光的濾光片。用于熒光抗體法的熒光色素。對于激發光的極大吸收波長和熒光的極大發光波長比較接近，所以BV激發法使用的濾光片必須使用銳截止式濾光片。該法可用藍光作為激發光，所以熒光色素的吸收效率較高，可得到較明亮的圖像。其缺點是500nm以下的熒光無法看到，而500nm以上的使整個圖像顯黃色。在熒光抗體法中，大多以熒光色素*的顏色來判斷其特異性，所以在討論微妙的特異性時，上述BV激發法的缺點往往影響極大。
開啟顯微鏡汞燈；
.根據樣品標記的熒光素選擇相應的濾光片；
.放好樣品，找到合適的視野；
.如需拍照，請確認照相機內已裝好彩色膠卷(使用定膠卷)；
.開啟自拍裝置，選擇手動檔，通常拍攝速度在0.---0秒內；
.使用結束，關閉所有電源并做好使用記錄。
.如需詳細說明，請借閱說明書。
注：
A．為延長汞燈的使用壽命，汞燈開啟不到分鐘的請在分鐘后關閉汞燈。
B．在熒光狀態下觀察標本，標本內的熒光染色會較快的衰減，所以要避免長時間的在熒光下觀察
