回答這個問題可以從細菌的菌體大小、人眼及顯微鏡的分辨率等方面來討論。
1、細菌的菌體大小一般是微米級別的，以大腸桿菌為例：長度約為1um，寬度約為0.5um。
2、分辨率是指能被清晰區分的兩個物點的zui小間距。
顯微鏡的分辨率是指顯微鏡放大成像后，所能清晰區分的兩個物點的zui小間距。
儀器的分辨率是指儀器提供被測對像微細結構信息的能力。分辨率越高則提供的信息越細致。超出放大極限的放大倍數被稱為無效放大，無效放大不能夠提供更多的細微結構的信息。
3、人眼的分辨率是0.1mm，即在光線充足、距離為1英尺的條件下，一般人眼能分辨的兩點間zui小距離為0.1mm。
4、綜上所述：要想看到細菌的存在，則放大倍數至少要有：0.1mm ÷ 0.5um = 1000 ÷ 5 =200 倍。不過 在此放大倍率下，看到的細菌（大腸桿菌）只是一個小點，要想看清其更加細微的結構信息，必須提高顯微鏡的放大倍率。
5、普通光學顯微鏡的 分辨率受可見光波長的限制（390~770nm,），一般不會超過1000倍，這是普通光學顯微鏡的放大極值。超過1000倍的放大無法提供更細微的結構信息，屬于無效放大的范圍。
6、電子顯微鏡的放大倍數可以達到80萬倍，其基本原理與普通光學顯微鏡相同，是通過高壓產生了短波長的電子波。
放大400倍（10x、40x）就可以勉強看見細菌了，不過只有針尖大小，就像是一個個小點。一般我們還是放大到1000倍（10x、100x）觀察，這個時候細菌的外型還是看得挺清楚的，經過特殊染色鞭毛也能看清楚。放大1000倍就要用油鏡了。所謂油鏡，就是在物鏡鏡頭和蓋玻片中間滴一滴香柏油，香柏油的光線折射率比空氣要高，這樣才可以使用更大的放大倍數。
10x、40x表明這個鏡頭放大10倍、40倍。目鏡的放大倍數與物鏡的放大倍數相乘就得出這個顯微鏡總的放大倍數。中學用的顯微鏡的目鏡、物鏡都是可以換的，目鏡一般是5x、10x。一點的顯微鏡的目鏡一般都只有10x，看過大腸桿菌（E.coli）、金黃色葡萄球菌、枯草芽胞桿菌、巨大芽胞桿菌（用來看芽胞的）。
綜上所述，使用放大倍數能達到1000倍或者更高倍數的生物顯微鏡是的選擇。
