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同型對照的主要目的是確定一抗的結合是特異性的，而不是非特異性的Fc受體或與其他蛋白的相互作用。還可以用來競爭性的結合抗體，與功能阻斷抗體發揮同樣的功能。 同型對照要與一抗的來源，Ig分型和標記*一致。 

同型對照（Isotype Control）：使用與一抗相同種屬來源、相同亞型、相同劑量和相同的免疫球蛋白及亞型的免疫球蛋白，用于消除由于抗體非特異性結合到細胞表面而產生的背景染色。如果一抗是多抗，可以用與一抗相同的正常血清。同型對照為免疫熒光標記中的陰性對照。由于熒光標記單抗的組來源不同，應選用相同來源的未標記單抗作為同型對照來調整背景染色。舉個例子：比如檢測一抗為單抗的mouse anti rat CD11b，clone OX-42 purified IgG，那么它的isotype 是mouse IgG2a， 所以可以用純化的 mouse IgG2a來做OX-42的同型對照（Isotype Control）。此外，同型對照與單克隆抗體（MoAb）所標記的熒光色素、濃度、F：P比值（標記的熒光色素與免疫球蛋白分子的比值）應該相同為*，這對準確設定陰性與陽性細胞的界標有重要意義，切忌使用與MoAb不相 匹配的同型對照，為同一實驗室、采用相同工藝或方法制備（如同一品牌）的產品。

如何選擇同型對照 ？

(1)一般選擇與一抗的成分*相同種屬來源、相同亞型和亞鏈、相同熒光標記的抗體，比如抗人的CD56 FITC標記的抗體，成份是Mouse IgG1,κ。那么它的同型對照應該是FITC標記的Mouse IgG1,κ。注意同型對照的成份跟它的名稱是相同的. 

(2)如果是抗體的組合形式是純化的一抗＋熒光標記的二抗，那么應該選擇一抗的同型對照。比如CD86的純化抗體，成分是Mouse IgG1,κ。它的同型對照是純化的Mouse IgG1,κ。它的二抗PE標記的抗小鼠IgG1,。那么染色方式如下：樣本管：純化的CD86＋PE標記的抗Mouse IgG1(二抗)＋樣本,同型對照管：純化的同型對照＋PE標記的抗Mouse IgG1(二抗 )＋樣本. 

(3)如果沒有找到適合的同型對照，在保持來源相同、熒光標記相同、免疫球蛋白類別相同條件下，那么優先選擇的順序應該是亞鏈不同--亞型不同--相同類別。比如，某種的抗體的來源是Mouse IgG2b,κ。如果在同型對照表里面找不到*相同的同型對照，那么優先選擇相同熒光標記Mouse IgG2a為同型對照。如果也沒有找到Mouse IgG2a，那么優先選擇相同熒光標記的Mouse IgG2b作為同型對照。如果zui后還是沒有找到Mouse IgG2b，那么選者相同熒光標記的Mouse IgG2作為同型對照。