顯微鏡成像系統是指能夠把顯微鏡觀察的像，通過專業的顯示器或電腦時時呈現出來，并且通過專業的軟件達到分析測量的目的。一般顯微鏡成像系統是由顯微鏡攝像頭和電腦組成。顯微鏡攝像頭，也叫顯微鏡相機、搭配軟件也被稱為顯微圖像分析系統。其是指專門針對顯微鏡開發的一種輸入設備，用于和顯微鏡結合來獲取顯微鏡成像圖像的光學儀器。通過的適配器安放在顯微鏡的三目筒上，并由數據接口與成像設備相連，實現在成像設備中實時顯示樣品圖片的目的。

按照所使用的圖像傳感器來分顯微鏡攝像頭可分為CCD攝像頭和CMOS攝像頭（數字攝像頭和模擬攝像頭）2種。由于顯微鏡攝像頭是一種專門針對微觀世界領域的成像儀器，它可以通過和PC鏈接，或結合專業的圖像處理軟件將顯微鏡觀察到的樣本微觀圖像輸送出來，然后進行測量和研究，這非常有利于研究人員的對被檢物體的分析研究。

普通的顯微鏡都只能通過眼睛進行觀察，而當我們在鏡下找到一個目標位置后再去找另外一個目標時，*個目標的往往會因為移動樣品之后很難再重新找到，這樣就導致很多數據的丟失。有了顯微鏡攝像頭就能把每次觀察的樣品圖像記錄下來用來做數據對比，這對于研究人員有非常大的幫助。

顯微鏡攝像頭即克服了顯微鏡頭與相機結合時的對焦技術問題，可以替換式的鏡頭設計概念，結合數碼相機成熟的攝錄影像功能，成為一機雙用的數碼顯微鏡。

如何使用顯微鏡攝像頭？顯微鏡攝像頭采集到的圖像數據需要在電腦或者顯示屏中進行顯示。一般顯微鏡攝像頭都搭配得有專業的顯微鏡成像軟件來顯示和管理攝像頭顯微鏡成像軟件傳輸來的數據。首先要連接好顯微鏡攝像頭及電腦等設備。

連接好了之后我們打開顯微鏡成像軟件。顯微鏡成像軟件的功能包括數據解碼，實時預覽，攝像頭參數調節，圖像處理，圖像保存等基本功能。針對不同應用領域，成像軟件還需要其他的功能。在金相分析上，就需要成像軟件有測量、顆粒分析、紋理分析以及完整的報表輸出等功能。在血液，精液分析中，又需要形態學分析、自動計數等功能。對于觀測大景深的物體需要景深擴展功能，較大的物體又需要圖像拼接功能。弱光，熒光環境，又需要成像軟件有偽彩增強和熒光分析等功能。顯微鏡成像軟件的好壞往往會影響到整個系統的成像效果。因為在選擇顯微鏡成像軟件時，需要根據不同的領域，不同的使用環境，選擇合適的軟件來配合攝像頭的使用。