關鍵詞:analog生物科技
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作為后基因組時代的新秀，系統生物學與基因組學、蛋白質組學等各種“組學"的不同之處在于，它是一種整合型大科學。首先，它要把系統內不同性質的構成要素 （基因、mRNA、蛋白質、生物小分子等） 整合在一起進行研究。系統生物學研究所的*篇研究論文，就是整合酵母的基因組分析和蛋白質組分析，研究酵母的代謝網絡[2]。由于不同生物分子的研究難度不一樣，技術發展程度不一樣，對它們的研究水平有較大的差距。例如，基因組和基因表達方面的研究已經比較完善，而蛋白質研究就較為困難，至于涉及生物小分子的代謝組分的研究就更不成熟。因此，要真正實現這種整合還有很長的路要走。
對于多細胞生物而言，系統生物學要實現從基因到細胞、到組織、到個體的各個層次的整合?！犊茖W》周刊系統生物學專集中一篇題為“心臟的模型化——從基因到細胞、到整個器官"的論文，很好地體現了這種整合性[3]。我們知道，系統科學的核心思想是：“整體大于部分之和"；系統特性是不同組成部分、不同層次間相互作用而“涌現"的新性質；對組成部分或低層次的分析并不能真正地預測高層次的行為。如何通過研究和整合去發現和理解涌現的系統性質，是系統生物學面臨的一個帶根本性的挑戰。
系統生物學整合性的第三層含義是指研究思路和方法的整合。經典的分子生物學研究是一種垂直型的研究，即采用多種手段研究個別的基因和蛋白質。首先是在DNA水平上尋找特定的基因，然后通過基因突變、基因剔除等手段研究基因的功能；在基因研究的基礎上，研究蛋白質的空間結構，蛋白質的修飾以及蛋白質間的相互作用等等?；蚪M學、蛋白質組學和其他各種“組學"則是水平型研究，即以單一的手段同時研究成千上萬個基因或蛋白質。而系統生物學的特點，則是要把水平型研究和垂直型研究整合起來，成為一種“三維"的研究。此外，系統生物學還是典型的多學科交叉研究，它需要生命科學、信息科學、數學、計算機科學等各種學科的共同參與。
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