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生物顯微鏡屬于精密的光學儀器，其在實驗室應用的過程中會因為使用不當或清潔不及時倒置顯微鏡在進行使用時出現精度誤差或成像不清，從而影響工作效率。為避免此類事件的發生，我們在使用生物顯微鏡的過程中需要對顯微鏡進行必要的日常維護。
本文以尼康生物顯微鏡E100為例，簡單講述生物顯微鏡E100的日常維護。
生物顯微鏡作為細胞以及小樣品的觀察工具，對其精密要求要高，因此操作環境要有一定的要求，避免潮濕，避免落灰。
光學顯微鏡晶片容易生霉，并且很難去除，顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機械零件受潮后，容易生銹。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。
光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
光學顯微鏡的某些部件連接是通過膠進行粘連的，防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
除了環境要求外，對工作人員也有一定的要求。
我們在使用完顯微鏡之后，必須要對顯微鏡和樣本接觸面進行仔細清潔。用干凈的毛筆清掃或用擦拭干凈即行。在鏡片上有抹不掉的污物、油漬或手指印時，鏡片生霉、生霧以及長期停用后復用時，都需要較行擦拭再使用。
除了要擦拭鏡片之外，還要對顯微鏡的機械部分進行擦拭，可以用棉花或干凈的抹布蘸酒精進行擦拭，后在晾干之后要蓋上防塵罩。
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