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貝克曼庫爾特國際貿易(上海)有限公司

速度!12分鐘Pooling 384個NGS文庫

時間:2020-9-15 閱讀:1503
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Pooling是測序文庫上機前的臨門一腳。經過數小時乃至幾天的實驗,初始樣品終于變成濃度、片段大小都符合質控指標的library嗷嗷待測。Pooling實驗通常由兩位操作者協作。根據表單信息將文庫歸一化到一定濃度,再將想要合并測序的文庫混合,耗時耗力。

事實上Pooling*可以不需要密集的吸液移液操作,不需要這么多時間和精力投入,甚至就不需要移液器和吸頭。采用Echo聲波移液系統,12分鐘即可完成384個文庫pooling1,而手工完成歸一化和pooling需耗時長達3小時。

 

 

Echo通過聚焦聲波能量轉移低至2.5nL的樣品,不需要吸頭,無物理接觸。每秒傳輸幾百個液滴實現nL到uL級的液體傳輸。Echo可以微量化反應體系到幾微升,甚至數百納升,將樣品從微孔板任意孔快速轉移到目的板任意孔。在基因組學及合成生物學中,被應用到微量化NGS建庫和快速pooling文庫、引物、寡聚核苷酸探針當中。

Echo 一步法NGS文庫Pooling

  Echo不與文庫樣本直接接觸,不需要費時間加載或清洗吸頭,可以在不到一秒的時間將微孔板上的NGS文庫轉移到目標孔內。

  高濃度文庫不需額外稀釋。通過nL至uL級液滴轉移,將濃度歸一化和pooling簡化為一步進行。

  數據管理和自動化操作可以避免人工操作失誤,提高實驗過程的可靠性。

Echo可關聯輸入文件,軟件自動完成高通量pooling

左:將需要pooling的各文庫信息寫入輸入文件,采用Echo一步法完成Pooling。 
 右:比較384個文庫的200 nL/文庫等體積Echo混樣和等摩爾量Echo混樣。
    結果顯示經Echo pooling后文庫獲得更加均一的測序量。

 

Echo 微量化NGS文庫定量質控

Echo可完成384孔甚至1536孔每板的超高通量微量化文庫質控定量。聲波移液含DNA染料的緩沖溶液、文庫到酶標板中進行熒光檢測。或是進行文庫qPCR檢測體系構建,避免標準品梯度稀釋的累積誤差和氣溶膠污染。文庫定量的微量化能夠減少試劑消耗,有效控制成本。此外,Echo支持在軟件中以表單的形式挑選某些文庫做qPCR。整個實驗過程數據可循,避免手工操作的竄孔等錯誤。

 

采用Echo完成文庫定量,微量化反應體系至2 uL,4 uL及8 uL繪制校準曲線

 

參考:

1.LABCYTE®: Brochure | Echo Acoustic Liquid Handling for Genomics Research, Version 1.0 | AUGUST 2017

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