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離子色譜儀在水質分析過程中發揮著重要的作用
離子色譜儀是一種常用的分析儀器，可以通過流動相與固定相之間的不同分配使試樣中各組分獲得分離，具有高選擇性且靈敏、快速、簡便等優點。離子色譜法是目前我國水質、大氣、土壤等生態方面環境監測中對離子和離子型化合物的主要分析方式。作為水中陰離子檢測的重要檢測儀器，離子色譜儀的使用與保養等都對檢測結構有一定的影響。
離子色譜在分析飲用水水質方面，除能對十三種常見陰、陽離子(F-、Cl-、Br-、NO3-、NO2-、SO42-、PO43-、Li、Na、NH4、K 、Mg2 、Ca2 )的快速分析外，還可對已被美國EPA列入飲用水必測項目(國內正著手制定相關標準)的消毒副產物：亞氯酸根、次氯酸根、氯酸根、溴酸根、溴化物等進行準確得定量。同時，還可分析氰化物、不同價態的鉻、二氧化硅、部分重金屬，有機酸類。對于水處理中常用的混凝劑Al和Fe的殘留濃度也能準確測定。
經過多年的應用，離子色譜已逐漸被國內外分析領域所接受，并被一些上有影響的機構確定為標準分析方法或推薦方法。它是一種很有發展前途的分析方法。
另外，采用離子色譜儀一般可以在20分～25分鐘之內分析測試出常規項目：氟化物、氯化物、硝酸鹽氮、硫酸鹽等。通過標準溶液的配制，選擇適合的濃度，配成多個項目的混合使用液，繪制標準曲線，通過標準曲線對水質樣品進行定量分析，其精密度、準確度均達到實驗室質量控制指標的要求。由此可以看出采用離子色譜法對水質進行檢測可以極大的提高工作效率。