金葡菌的致病力強弱主要取決于三類毒力因子：產生的毒素、侵襲性酶和其他結構成分。a.毒素：腸毒素（staphyloccoccla enterotoxin，SE）、，毒性休克綜合征毒素-l（toxic shock syndrome toxin 1，tsst-1）、表皮剝落毒素（exfoliative toxins，eta-b）、溶血毒素（staphylolysin）及殺白細胞素（1eukoeidin）等。L侵襲性酶：血漿凝固酶（coagulase）、耐熱脫氧核糖核酸酶（heat stable nuclease）、纖維蛋白溶解酶（fibrinolysin）、透明質酸酶（hyalurouidase）等。c．其他：黏附素、莢膜、胞壁肽聚糖等。由于金葡菌的致病性主要與其產生的各種毒素有關，因此關于各種毒素的基因檢測一直以來都是研究的熱點。

a．腸毒素基因。腸毒素是金葡菌產生的一種耐熱的外毒素，是其主要致病因素，有報告表明近50％的金葡菌菌株在實驗室條件下能產生腸毒素，并且一個菌株能產生兩種或兩種以上的腸毒素，現已鑒定出的腸毒素有A型、B型、C1～C3型、D型、E型、G型、H型、I型、J型11種。一般來說，食物中毒時毒素A型、D型常見，B型、C型次之，涉及到E型毒素的發生率zui低，各腸毒素毒力不一，A型毒素毒力較強，D型較弱。對腸毒素的檢測方法主要包括經典的免疫學試驗、動物試驗等，當然也有一些其他的現代方法，如向四海等通過表面等離子體技術檢測了腸毒素B。鑒于傳統方法的低靈敏性、低專一性， 目前的檢測手段已越來越趨向于分子生物學方法，針對特異性產毒素基因，如傳統的SEA、SEB、SEC、SED基因及新發現的腸毒素基因SEI、SEJ等進行PCR及探針檢測，這也是當前分子生物學用于檢測致病性金葡菌zui常用的手段。多數產腸毒素的基因位于染色體上，且一般至少有兩個基因位點；少數由質粒控制，且通常與耐藥性基因處于相同質粒中，如SED基因位于27．6kb的質粒PIB485上，用EB消除PIB485時，菌株的耐甲氧西林性狀隨之消失；SEB基因亦與青霉素抗性質粒相關，80％的青霉素抗性菌株可產生SEB。針對腸毒素不同基因的PCR檢測已有大量報道，這里不再贅述。

b．毒性休克綜合征毒素-1（toxicshock syndrome toxinl，tsst-1）。由噬菌體I群金黃色葡萄球菌產生的一類蛋白質，可引起機體多個器官系統的功能紊亂或毒性休克綜合征（TSS）。zui早發現于1987年，稱為腸毒素F或熱源性外毒素（PEC），后統稱為TSST-1，該毒素在美國的病死率為13％。編碼TSST-1的基因位于染色體上，TSST-1的蛋白質密碼序列長度為585個堿基對（194個氨基酸），據此推測其相對分子質量為22049。K．Becker等在對429株臨床分離金葡菌進行的PCR-DEIA（PCR-DNA enzyme immunoassays）的檢測中，發現有約20％的菌株可擴增出tsst-1基因。

c．表皮剝落毒素（exfoliative toxin，et）。由噬菌體Ⅱ型金葡菌產生的一種外毒素，分為A、B兩型，可引起人的葡萄球菌性燙傷樣皮膚綜合征（staphylococcus scalded skin syndrome，SSSS），常見于新生兒，病死率20％。其中eta為染色體編碼，etB基因則位于27X106u的質粒上。K．Becker等在對429株臨床的分離金葡菌進行的PCR-DEIA（PCR-DNAenzymeimrnunoassays）檢測中，成功擴增出ec基因，同時表明只有少數菌株具有產該毒素能力；Y．Hayakawa等對臨床乳房炎金葡菌分離株的eta基因及其調控基因（accessorygeneregulator，agr）進行了PCR擴增，發現其與人源分離株eta基因僅在ORF上游區存在三個堿基的差異；此外，盡管在32個位點存在差異，人源分離株etaORF上游120bp處的ORF 0-4）也在乳源菌株中被發現，表現出了一定的保守性。