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PCR試驗交流
點擊次數(shù)：5506 發(fā)布時間：2011-6-16
你會讀marker嗎？
zui近在做PCR試驗，發(fā)現(xiàn)要了解的東西太多了，很多非常基礎的常識性的知識都很容易出問題，zui近就出現(xiàn)電泳圖中的Marker問題，一起做試驗的前輩教我從zui后一條開始數(shù)，zui后一條為11，代表72bp，前面再類推。按此方法比較一直以為自己沒跑出所需條帶，降低條件反復跑。
然后坐下來總結經(jīng)驗，終于我認識到可能是Marker的閱讀問題，并且在試驗中我試著用不同的電泳時間看結果，發(fā)現(xiàn)有時候條帶總共是10條，有時候是9條。我意識到按照zui后一條條帶來定位是不準確的。并上網(wǎng)查看Marker說明，發(fā)現(xiàn)不同的Marker說明表格顯示有的總共11條，有的總共13條。但是在對照圖片上可以發(fā)現(xiàn)zui后的11號或13號甚至12號條帶往往光有數(shù)據(jù)而不顯示條帶，這說明zui后1條條帶甚至倒數(shù)第二條條帶是很難顯示的。有時它們在同一個條帶上標記兩個數(shù)據(jù)，這是因為如果電泳時間或膠的濃度影響，有時無法分辨為兩條。因此，我可以確信，用Marker比較一定要從起始端開始數(shù)，而不能根據(jù)zui末一個條帶來定位。拿到足夠的證據(jù)，同已經(jīng)做了1年多試驗，就要發(fā)表文章的前輩討論，但他仍然堅持自己的看法，說是老師教他的。終于我將這個情況跟技術員及老板討論，zui終獲得認同。這樣看來，這個問題也不簡單。
另外補充幾條：
1、是應該從大條帶端開始數(shù)，原因有二：
小條帶跑得快，時間長了可能會跑出膠，所以電泳時要注意好時間；
在電泳過程中EB是向陰運動，所以跑到凝膠下緣的條帶染色很弱甚至不染色，也會看不到！必要時建議灌制長膠。
2、marker中的小條帶分子量較小，跑的時間長了容易彌散而導致看不清楚
3、同意上面的說法，zui近也在跑電泳，我每次也是從zui下面數(shù)的，上面的條帶有時候顏色很淺看不出來！
4、另外還有一些商用Marker，有一個條帶亮度超過其他條帶（比如為其他的兩倍），比較容易分辨，也可以幫助定位！