常用的標記法有染色、耳緣剪孔、烙印、號牌等方法。
（一）顏料涂染
這種標記方法在實驗室常使用，也很方便。
經常應用的涂染化學藥品有：
①、涂染紅色：0.5%中性紅或品紅溶液。
②、涂染黃色：3～5%溶液。
③、黑色：煤焦油的酒精溶液。
④、涂染咖啡色：2%硝酸銀溶液。
標記時用毛筆或棉簽蘸取上述溶液，在動物體的不同部位涂上斑點，以示不同號碼。編號的原則是：先左后右，從上到下。一般把涂在左前腿上的計為1號，左側腹部計為2號，左后腿為3號，頭頂部計為4號，腰背部為5號，尾基部為6號，右前腿為7號，右側腰部為8號，右后腿計為9號。若動物編號超過10或更大數字時，可使用上述兩種不同顏色的溶液，即把一種顏色作為個倍數，另一種顏色作為十位數，這種交互使用可編到99號，假使把紅的記為十位數，黃色記為個位數，那么右后腿黃斑，頭頂紅斑，則表示是49號鼠，余類推。該方法對于實驗周期短的實驗動物較合適，時間長了染料易退掉；對于哺乳期的子畜也不適合，因母畜容易咬死子畜或把染料舔掉。
（二）烙印法
用刺數鉗在動物耳上刺上號碼，然后用棉簽蘸著溶在酒精中的黑墨在刺號上加以涂抹，烙印前好對烙印部位預先用酒精消毒。
（三）打號法
用刺數鉗將號碼打在動物耳朵上。打號前用蘸有酒精的棉球擦凈耳朵，用耳號鉗刺上號碼，然后在烙印部位用棉球蘸上溶在食醋里的黑墨水擦抹。該法適用于耳朵比較大的兔、狗等動物
（四）針刺法
用七號或八號針頭蘸取少量碳素墨水，在耳部、前后肢以及尾部等處刺入皮下，在受刺部位留有一黑色標記。該法適用于大小鼠、豚鼠等。在實驗動物數量少的情況下，也可用于兔、狗等動物。
（五）號牌法
用金屬制的牌號固定于實驗動物的耳上。大動物可將號碼烙壓在圓形或方形金屬牌上，或將號碼按實驗分組編號烙在栓動物頸部的皮帶上，將此頸圈固定在動物頸部。該法適用于狗等大型動物。對猴、狗、貓等大動物有時可不做特別標記，只記錄它們的外表和毛色即可。
（六）打孔或剪缺口法
可用打孔機在兔耳一定位置打一小孔來表示一定的號碼。如用剪子剪缺口，應在剪后用滑石粉捻一下，以免愈合后看不出來。該法可以編1～9999號，此種方法常在飼養大量動物時作為終身號采用。
（七）剪毛法
該法適用于大、中型動物，如狗、兔等。方法是用剪毛刀在動物一側或背部剪出號碼，此法編號清楚可靠，但只適于短期觀察。
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