DNA去甲基化有兩種方式：  
1. 被動途徑： 由于核因子N F 粘附甲基化的DNA，使粘附點附近的DNA不能被*甲基化，從而阻斷DNM T1 的作用；  
2. 主動途徑： 是由去甲基酶的作用，將甲基基團移去的過程。在DNA 甲基化阻遏基因表達的過程中，甲基化CpG 粘附蛋白起著重要作用。雖然甲基化DNA 可直接作用于甲基化敏感轉錄因子E2F、CREB、A P2、CM ycöM yn、N F2KB、Cmyb、Ets，使它們失去結合DNA 的功能從而阻斷轉錄，但是，甲基化CpG 粘附分子可作用于甲基化非敏感轉錄因子（SP1、CTF、YY1）,使它們失活，從而阻斷轉錄。人們已發現5 種帶有恒定的甲基化DNA 結合域（MBD ） 的甲基化CpG 粘附蛋白。其中M ECP2、MBD1、MBD2、MBD3 參與甲基化有關的轉錄阻遏；MBD1 有糖基轉移酶活性，可將T 從錯配堿基對TöG 中移去，MBD4 基因的突變還與線粒體不穩定的腫瘤發生有關。在MBD2 缺陷的小鼠細胞中，不含M ECP1 復合物，不能有效阻止甲基化基因的表達。這表明甲基化CpG 粘附蛋白在DNA 甲基化方式的選擇，以及DNA 甲基化與組蛋白去乙酰化、染色質重組相互中的有重要作用。