高壓輸液泵是離子色譜儀的重要部件，它將流動相輸入到分離系統，使樣品在柱系統中完成分離過程。目前離子色譜應用較多的是往復柱塞泵，由于往復柱塞泵的柱塞往復運動頻率較高，所以對密封環的耐磨性及單向閥的剛性和精度要求都很高。密封環一般采用聚四氟乙烯添加劑材料制造，單向閥的球、閥座及柱塞則用人造寶石材料。
往復泵有單柱塞、雙柱塞。一般來說，雙柱塞流量更平穩，脈動小，但構造復雜，價格也比較高。
1.單柱塞泵
這種泵的壓力和流量波動大。采取一些必要的措施如增加阻尼器，對凸輪形狀作特別設計以及利用先進的電子技術也可獲得滿意的結果。早期的離子色譜和一些簡易型離子色譜儀常采用單柱塞泵系統。
2.雙柱塞泵
雙柱塞泵即兩個泵頭并聯使用，凸輪相差180°，使壓力和流量波動減少。因此這種雙柱塞泵可以不加阻尼器直接進入分離系統，可以進行低壓梯度淋洗。如今大多數離子色譜儀均已經采用雙柱塞泵。
目前，新型的微孔型離子色譜儀，由于其采用的色譜柱為2mm內徑，為常規的4mm內徑的色譜柱橫截面的1／4，因此在線速度不變的條件下，其流速為常規色譜的1／4，因此它采用的泵的流速為0.01～2.50 ml／min。其主要特點是柱塞比較小，但結構與常規的離子色譜儀相似。由于流速的減小，可以大大減少溶劑的用量。如以同樣的量進樣，靈敏度可以增大到原來的4倍。
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