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高通量測序技術的發展趨勢
閱讀:1981 發布時間:2011-9-8摘要: 生物通報道 在本期的《Genetic Engineering & Biotechnology News》雜志上,Harry Glorikian 和Brian Clancy盤點了他們認為值得關注的測序趨勢,包括測序活動的兩極化、流程價值的轉變,以及臨床和商業應用。 |
生物通報道 在本期的《Genetic Engineering & Biotechnology News》雜志上,Harry Glorikian 和Brian Clancy盤點了他們認為值得關注的測序趨勢,包括測序活動的兩極化、流程價值的轉變,以及臨床和商業應用。 首先,他們談到了測序活動的兩極化,即zui大和zui小實驗室所開展的高通量測序活動的份額正在逐步增加,這是由一系列同時存在的集中和分散力量驅動的。zui重要的集中力量是研究協作組的出現,他們試圖對大量人及其他物種的基因組進行測序和分析,目標是發現新的變異體,并探索它們對于人類健康的意義。他們認為,出現這種趨勢的原因是分析大量基因組的經濟性。隨著樣品的增多,樣品制備、測序本身以及后續分析的成本有下降的趨勢。 歡迎索取GS Junior系統的更多資料!
而作者認為,分散測序行為的力量則更多更復雜。討論zui多的力量是臺式高通量測序儀的出現(即生物通近日報道的個人型測序儀),它們的價格與儀器要低得多。這種新興儀器的擴展性好,且有著更快的周轉時間,因此有望在某些應用中取代毛細管電泳技術。 Glorikian和Clancy認為,第二個重大趨勢是流程的價值轉變,即高通量測序流程中使用了更多除測序儀和消耗品之外的去商品化(decommoditization)和商品化資源。這種趨勢的主要推動力是技術本身,并與第二代測序技術的成熟和更新一代測序儀的出現有關。 作者談到,大型基因組中心在2005年大約花費65%在工具(儀器和消耗品)上,但到了2010年,工具花費則降低至~40-50%。預計今后還會繼續降低,因為計算機設施和樣品物流設施的投資增加,而且還需要雇傭更多的人員,如生物信息學家和病理學家。 作者認為未來幾年的增長點將是樣品制備儀器及消耗品,DNA剪切和大小選擇儀器及消耗品,亞硫酸氫鹽測序試劑盒、染色質免疫沉淀試劑盒、序列富集儀器及消耗品,以及生物信息學工具。 zui后,也是生命科學界zui感興趣的一個趨勢,是測序技術擴散到臨床和商業應用中。這個趨勢主要是由兩種力量推動的,即不斷增長的高性能需求和快速擴展的技術性能范圍。 盡管大部分的測序討論集中在技術的性能改善上,但作者認為,客戶需求的變化更為重要,也非常快。從分析的角度來看,愿望是降低假陽性和假陰性,而從臨床的角度來看,則是提高陽性和陰性預測值。 他們將測序中zui長期和zui重要的趨勢稱為測序技術的*。高通量測序技術將逐步擴散到基因組學之外,進入其他分析物的分析,包括小分子、蛋白和肽段,以及科研、臨床和商業應用中的細胞現象。 作者總結道,考慮到整個分析儀器市場的規模(大約400億美元)以及商業化體外診斷市場的規模(約410億美元),現有市場參與者和客戶的影響將是可觀的。如果幾臺測序儀能夠取代整個臨床實驗室,那么行業*zui終有可能處境危險。(生物通 薄荷) |