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高效液相色譜儀分析時流動相的選擇原則：
1、選擇色譜醇的溶劑作為流動相
不要隨意加滿溶劑瓶。作為分析流動相，應避免不必要的浪費，防止污染環境，危害身體健康。應該根據樣哦數量，計算需要使用的溶劑體積，添加適量流動相到試劑瓶中作為流動相。因為有些有機溶劑長期放置易變質，比如在光照下就容易變質，甲醇或乙醇長期放置會生成酯類，乙腈水溶液會分解為醋酸與氨，在分析時導致基線抬高，對一些分析，特別是質譜分析造成影響。
2、配置某些酸或堿性流動相時要考慮色譜柱的使用pH范圍
有些酸并不適宜作為流動相，如鹽酸、長期使用可能損壞泵及相關的鋼制管線。注意選擇合適的截止波長的溶劑作為流動相。
紫外分析時，樣品的檢測波長至少應大于所用溶劑的截止波長20nm上。
3、配置的鹽溶液一定用濾膜過濾
常規液相用0.45µm濾膜過濾，高效液相色譜使用0.2µm濾膜過濾。水或緩沖鹽溶液好置于棕色瓶中，以防長菌，阻塞溶劑過濾器，降低泵的操作性能。質譜分析不能使用不揮發性鹽作為流動相。使用揮發性鹽作為流動相時，在保證分析的條件下，流動相中的鹽盡量保持低濃度。
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